Левые эсеры попробовали развить наступление и зачитали официальный запрос на имя Ленина, в котором поставили два вопроса: «на каком основании проекты декретов и иных актов не представляются на рассмотрение ЦИК» и «намерено ли правительство отказаться от произвольно установленного ими совершенно недопустимого порядка — декретирования законов». «Так — пишет Александр Рабинович — инициатива Ларина очень скоро переросла во второй острый институциональный конфликт между ВЦИК и Совнаркомом по поводу властных полномочий, а также в прямую конфронтацию по этому вопросу между умеренными большевиками и левыми эсерами, с одной стороны, и большевиками-ленинцами — с другой».
Ленин ответил, что левым эсерам было предложено войти состав Совнаркома, и получить доступ к выработке практической политики, но они отказались. Троцкий добавил, что дело не должно сводиться к вопросу о формальной подотчетности правительства перед ВЦИК, что в отличие от буржуазного парламента,
Впрочем, были и конкретные уступки. Например, Ленин признался, что «о приказе Муравьева Совет Народных Комиссаров узнал лишь из газет», и фактически признал законным отмену этого приказа ВЦИКом.
В итоге, очень незначительным большинством (25 против 23, затем при поименном голосовании 29 против 23) была принята резолюция, предложенная Урицким, и признававшая за СНК право «издавать без предварительного обсуждения ЦИК неотложные декреты в рамках общей программы Всероссийского Съезда Советов» и оставлявшая за ВЦИК «общий контроль над деятельностью Совета Народных Комиссаров и возможность сменять правительство или отдельных членов его». Представители внутрипартийной оппозиции в РСДРП(б) не голосовали или как, например Рязанов, воздержались. Когда в конце заседания Ленин вновь предложил одному из левоэсеровских лидеров, А. Колегаеву стать наркомом земледелия, Малкин ответил, что «наша фракция могла бы принять это предложение» при нескольких условиях, включая немедленное аннулирование декрета о печати и прекращение политики репрессий. Цена компромисса была обозначена.
С другой стороны, внутрипартийная оппозиция в самой большевистской партии дала настоящий бой по вопросу о коалиции с умеренными социалистами, но сформулировать общей платформы по вопросу о репрессивной политике, по декрету о печати и в отношении подотчетности СНК перед ВЦИК так и не смогла. Критика партийного руководства по этим вопросам оставалась как бы второстепенной, на ней сосредотачивались лишь отдельные деятели.
Помимо Рязанова и Ларина, среди них нужно назвать Лозовского, который на совещании большевистской фракции ЦИК выступил с очень эмоциональной речью, в которой он предварял каждый пункт обвинения рефреном: «Во имя партийной дисциплины, я не могу молчать». Лозовский обвинил руководящую группу ЦК в потворстве репрессиям (Приказ № 1 и т. д.), в подавлении инакомыслия (декрет о печати), в безответственности правительства. Но ни Каменев, ни Ногин, ни Рыков, ни Зиновьев, ни тем более Шляпников по всем этим вопросам ленинское руководство не критиковали.
Разгром внутрипартийной оппозиции в РСДРП(б) на время снизил накал внутрипартийной дискуссии. С другой стороны, большевистское руководство пошло навстречу некоторым требованиям внепартийной оппозиции. Так, уже 8 ноября Совнарком официально вынес на обсуждение ВЦИК целый ряд важнейших вопросов. Перед делегатами выступили с отчетом народные комиссары Луначарский, Троцкий, Менжинский, на голосование были вынесены важнейшие правительственные акты. Это стало явной уступкой в отношении требования восстановить реальную подотчетность правительства перед ВЦИК. Практика контроля ВЦИК над действиями правительства получила и дальнейшее продолжение. Причем, большевики учитывали и интересы других фракций, особенно, левых эсеров. Так, 9 ноября был удовлетворен протест ПЛСР по поводу того, что Известия опубликовали только список кандидатов в Учредительное собрание от большевиков.