Затем экспедиция взяла курс строго на запад и 3 января 1787 года достигла португальской колонии Макао в устье Жемчужной реки. После ремонта судов Лаперуз отправился на Филиппины, где пополнил запас продовольствия, и в апреле двинулся на север, картографируя азиатское побережье; он обогнул остров Тайвань, прошел проливом между Кореей и Японией в Японское море, а затем — другим проливом, отделяющим Японию от острова Сахалин. К концу второго летнего исследовательского сезона корабли достигли полуострова Камчатка. Здесь Лаперуз ссадил на берег владевшего русским языком офицера по имени Лессепс, дав ему задание пересечь Сибирь и доставить в Европу все материалы, собранные экспедицией к тому времени.
В сентябре 1787 года «Буссоль» и «Астролябия» снова очутились в южных широтах. Приняв на борт пресную воду на Тутуиле, главном острове Американского (ныне — Восточного) Самоа, экспедиция подверглась нападению со стороны вооруженных дубинками и камнями туземцев. Атаковавшие баркасы дикари убили 12 человек, в том числе и заместителя Лаперуза, капитана «Астролябии» Флерио де Лангля. Сорока трем морякам удалось спастись вплавь, хотя некоторые из них были тяжело ранены. Французы предпочли как можно быстрее покинуть Самоа и направились к восточному побережью Австралии.
В конце января 1788 года они вошли в залив Ботани и с удивлением увидели там британскую военную эскадру. Это был знаменитый Первый флот, состоявший из семи кораблей, которые доставили в Австралию 750 каторжников, мужчин и женщин с детьми, ставших основателями первого британского поселения на Зеленом континенте. Когда англичане собрались домой, Лаперуз воспользовался случаем и отправил во Францию письма и новые доклады. В одном из писем он обещал вернуться на родину в июне 1789 года.
Возможно, кому-то покажется удивительным то обстоятельство, что британцы согласились помочь человеку, посвятившему всю жизнь вооруженной борьбе с ними и ставшему одним из заклятых врагов британской короны. Но дело в том, что даже во время военных действий Лаперуз являл собой образец благородства и человечности. В годы войны за независимость США британцы вели оживленную торговлю канадскими мехами, которая приносила им весьма значительные доходы. Разрушение факторий и упадок этой торговли пошли бы на пользу мятежным американским поселенцам и их французским союзникам. Получив задание совершить набег на британские пушные фактории в Гудзоновом за-ливе, капитан Лаперуз действовал быстро и решительно. Он захватил и без колебаний разрушил до основания все укрепления, но не тронул жилищ тех британцев, которые спаслись бегством и скрылись в лесах. Уходя, Лаперуз даже оставил им провиант и припасы на зиму. Оправдываясь перед командованием за свое милосердие, он заявил, что поступить иначе было бы бесчеловечно.
Вполне вероятно, что парижские военачальники не сумели по дос тоинству оценить благородство своего соотечественника, но вот британцы не запамятовали великодушие Лаперуза и три года спустя, когда он готовился отплыть в Тихий океан, с радостью согласились содействовать адмиралу в его научных исканиях. Французам показали все карты, отчеты и данные, составленные и добытые величайшим путешественником своего времени, капитаном Джеймсом Куком. Особую ценность представляли двадцать убористо исписанных страниц, на которых излагались способы профилактики и лечения цинги — бича всех мореходов той поры. Благодаря Куку, ни один член экспедиции Лаперуза не пострадал от этого ужасного недуга. Во всяком случае, так говорится в сохранившихся отчетах о первых трех годах плавания.
Покидая Брест, Лаперуз увозил с собой две «юркие иголки» (ком пасы), которые совершили кругосветное плавание с капитаном Куком, вернее, прошли с ним путь, равный длине экватора: как известно, ни одно из плаваний Кука не было кругосветным. Компасы эти подарило Лаперузу британское Королевское общество.
10 марта корабли покинули Австралию и пошли на северо-восток. Больше их никто никогда не видел. «Он сгинул без следа в синем просторе, и лишь загадочная скорбная тень его живет в сердцах и умах людских», — так написал о Лаперузе шотландский публицист Томас Карлайл.
Летом 1789 года об экспедиции уже больше года не было ни слуху ни духу, но родина так и не нашла времени и сил на поиски своего достойного сына. Французский народ был занят более важными делами: 14 июля мятежная толпа взяла приступом мрачную тюрьму Бастилию, положив начало так называемой Великой французской революции, которая повергла страну в смуту и разорение на целых 11 лет и бесславно завершилась восшествием на императорский престол вышеупомянутого Наполеона Бонапарта.
Лишь спустя два года французское правительство вспомнило об исчезнувшем мореплавателе, объявило награду за любые сведения о Лаперузе и отправило в Тихий океан поисковую экспедицию. 25 сентября 1791 года, через 6 лет после оптимистического отплытия Лаперуза из Бреста, тот же порт покинули два корабля под водительством контр-адмирала Жозефа Антуана Бруни д'Энтрекасто.