В это же время другому дяде Беркярука, Тутушу, правившему в Дамаске, также захотелось заявить свои притязания на султанство. Он, описав большой круг, быстро прошел со своей армией через Месопотамию, Армению и Азербайджан по направлению к Хамадану, мимо Беркярука, который находился сначала в Мосуле, а затем в Низибине. Когда эмиры молодого султана (Изз аль-Мульк незадолго до этого умер) поняли, что их отрезают от центральных пунктов сельджукского государства, они бросились назад через Тигр, чтобы раньше своего противника достигнуть укрепленного Хамадана. Поскольку этот город был уже отрезан, эмиры посоветовали Беркя-руку спешить в Исфахан. Там, со времени смерти Туркан эмиры столицы все еще держали ее шестилетнего сына Махмуда в качестве претендента на престол. И для этой группы вопросом жизни и смерти было изгнание Тутуша из страны. Таким образом, на время интересы братьев совпали. Хотя и не без некоторых колебаний, эмиры открыли ворота Беркяруку, и было официально отпраздновано великое примирение: оба брата публично обнялись. Приверженцы Махмуда втайне ликовали — еще бы, соперник оказался в их руках! Однако и на этот раз счастье улыбнулось Беркяруку: Махмуд неожиданно захворал оспой и в ноябре 1094 года умер.
Интересно, что в это же время болели оспой и два других сына Малик-шаха, два будущих султана — Бер-кярук и Санджар. В их лечении, так же как и в лечении Махмуда, принял участие Омар Хайям. Историк аль-Бейхаки рассказывает, что «однажды имам Омар пришел к великому султану Санджару, когда тот был мальчиком и болел оспой, и вышел от него. Визирь Муджир ад-Даула спросил у него: „Как ты нашел его и чем ты его лечил?“ Он ответил: „Мальчик внушает страх“. Это понял слуга-эфиоп и доложил султану. Когда султан выздоровел, по этой причине затаил злобу на имама Омара и не любил его». Понять Санджара нетрудно: Хайям лечил двух его братьев, но Махмуд умер, а Беркярук выжил. Значит, по логике Санджара, лечение было недобросовестным. Хайям, возможно, действовал в чьих-то интересах. И пе ожидала ли его, Санджара, участь Махмуда? С другой стороны, малолетний Санджар, конечно, еще не мог задавать себе таких вопросов. Возможно, аль-Бейхаки допустил некоторую неточность, и все происходило на самом деле несколько по-другому: слуга-эфиоп запомнил слова Омара Хайяма (может быть, Хайям вкладывал в них другой смысл?) и через много лет рассказал Санджару. В истолковании недругов поэта эти слова приобрели зловещий смысл и навсегда настроили будущего султана против поэта и ученого. Во всяком случае, когда Санджар станет правителем, он не забудет Хайяму его оплошности. Таково предначертание членов семьи повелителей — быть подозрительными. А их рабам, у которых голова, язык, умения, знания одновременно друзья и злейшие враги, надо было держаться втрое осторожней. Это еще раз понял Хайям.
Между тем хамаданский эмир только притворно капитулировал перед Тутушем. Как только последний оставил город, эмир бежал в Исфахан к Беркяруку. Сам Тутуш решил, что в конце концов следует попытаться вступить в переговоры. Он перебрался в Рей и стал писать эмирам своего племянника, стараясь различными обещаниями привлечь их на свою сторону. Пока исход болезни Беркярука был сомнителен, эмиры всячески тянули. Но султан выздоровел, а малолетний, чисто номинальный правитель, разумеется, гораздо приятнее для влиятельных сановников. Они открыто порвали отношения с Тутушем и с находившимися в их распоряжении войсками двинулись к Хамадану.
Когда в феврале 1095 года оба войска встретились близ Рея, под началом Тутуша было лишь 15 тысяч человек, тогда как Беркярук располагал тридцатитысячным войском. Сын Алп-Арслана погиб в отчаянной битве от руки эмира, всех сыновей которого Тутуш некогда приказал умертвить на глазах отца.
Когда же последний из братьев его отца, Арслан-Аргун, во время восстания, вначале для него благоприятного, был убит в Хорасане своим рабом, казалось, Беркяруку можно вздохнуть спокойно. Но это оказалось не так.
В течение правления султана Беркярука усобицы постепенно охватили всю страну. Повсюду возникали мятежи, особенно сильные в районах Исфахана, Хамадана, Рея, Себзевара, Мерва, Нишапура, Серахса, Шахрастана, Балха, Хорезма, Гургана. Там повсюду происходили столкновения между отрядами тюркской знати и войсками султана. В столице и во всей стране отсутствовала твердая власть. Все внимание Беркярука было направлено на подавление мятежей. При дворе, не стесняясь в средствах, интриговала знать. Историк Равенди говорит о том, что даже в армии султана вспыхивали мятежи и имело место неповиновение. А уже известный нам Ибн аль-Асир с горечью пишет, что результатом усобиц стали разрушение городов и гибель их мирного населения.