Религиозная система исмаилизма состояла из двух очень различных ветвей: «внешняя» доктрина, общедоступное учение для рядовых членов секты, и «внутренняя» доктрина, которую открывали только посвященным членам секты. Причем «внутренняя» система рассматривалась как аллегорическое толкование «внешней» доктрины. Важнейший исмаилитский принцип гласил: «Нет внешнего без внутреннего, и, обратно, нет внутреннего без внешнего». Каждому пункту «внешней» доктрины соответствовал таким образом разъясняющий его тайный смысл пункт «внутренней» доктрины.
«Внешняя» доктрина у фатимидского исмаилизма мало чем отличалась от умеренного шиизма и сохраняла почти все обрядовые и правовые постановления шариата: молитвы, посещение мечети, посты и т. д. Карматы же отрицали большую часть обрядов «правоверного ислама» и даже поклонение Каабе считали идолопоклонством.
«Внутренняя» доктрина состояла из двух частей: аллегорическое истолкование Корана и шариата (например, ад как аллегория состояния невежества; рай — как аллегория совершенного знания, которое может быть достигнуто путем усвоения эзотерического учения исмаилизма) и общая система философских и теологических знаний.
В соответствии с исмаилитской системой единое начало множественности явлений мира есть всевышняя тайна («невидимое», «Единое»), У него нет никаких атрибутов, оно неопределимо и непознаваемо для людей, которые не могут иметь с ним никакого общения.
Абсолют пребывает в состоянии вечного покоя. Он не является непосредственным творцом мира. Абсолют простым предвечным актом воли выделил из себя творческую субстанцию — Мировой (или Всеобщий) Разум. Это первая эманация Абсолюта. Мировой Разум обладает всеми атрибутами божества; его главный атрибут — знание.
Мировой Разум произвел вторую, низшую эманацию — Мировую Душу, ее главный атрибут — жизнь. Будучи несовершенной, Мировая Душа стремится достигнуть совершенства, выделяя из себя новые эманации. Она создала первичную материю, которая, в свою очередь, произвела землю, планеты, созвездия, живых тварей. Однако первичная материя пассивна, инертна, лишена творческого начала — она может создавать только такие формы, которые являются бледными подражаниями прообразам, существующим в Мировом Разуме.
Мир есть макрокосм, «большой мир», а человек есть микрокосм, «малый мир». Тайное учение исмаилитов особо подчеркивает параллелизм, соответствие между микрокосмом и макрокосмом.
Среди живых тварей должен появиться Совершенный человек как венец человечества. Появление такого человека объясняется стремлением Мировой Души к совершенству. Совершенный Человек появляется на земле ради спасения людей. Спасение же есть достижение совершенного знания; рай — аллегория этого состояния совершенства. Когда человечество достигнет совершенного познания, тогда зло, которое есть не что иное, как неведение, исчезнет и мир вернется к своему источнику — Мировому Разуму.
Вернемся вновь к движению захидов. Борьба внутри ислама за создание философско-интеллектуальной базы не остановила его дальнейшего развития, а, напротив, ускорила. Да и сама эволюция аскетического движения, непрестанно устремленная в одном направлении мысль, ощущение взора божества, следящего за действиями своего раба, пламенная готовность к жертве, эмоциональная жажда отказа от всех благ — все это должно было рано или поздно привести к интеллектуальному самоосознанию движения. Вообще надо отметить, что изменения, происходящие в религиозных системах, вызываются не только социальными обстоятельствами. Эти изменения обусловливаются и развитием собственно интеллектуально-религиозной мысли. Отсутствие эволюции в таких системах означает либо консервативность социальных отношений, либо отсутствие творческих религиозных мыслителей, либо то и другое.