Мухаммеду сказали, что он сам окружен тайными исмаилитами, но что узнать их может лишь тот, кто сам принадлежит к их организации. Визирь обещал разыскать такого человека, который выдал бы всех этих злодеев. Он нашел подходящего типа и подговорил его выдать себя за исмаилита и назвать сто имен крупнейших вельмож (противников визиря), обвинив их в принадлежности к секте. По этому ложному доносу все названные лица были схвачены, подвергнуты ужасающим пыткам, и казнены. Истина выяснилась лишь тогда, когда сам визирь аль-Хатиби был казнен за какой-то проступок.
Исмаилиты почти открыто действовали даже в столице. Ассасины завладели крепостью Шах-диз («Царская крепость»), которую построил на горе близ столицы сам Малик-шах. Из этой-то крепости смертельные враги его преемников повсюду разносили страх и опасение за свою жизнь. В 1106 году удалось уничтожить и это горное гнездо, и еще несколько других, где скрывались исмаилиты.
Правда, и исмаилиты не остались в долгу: целый ряд высокопоставленных эмиров султана были убиты. Однако Мухаммад, как пишет симпатизирующий ему арабский историк, «осознал, что благополучие государства и подданных требует полного истребления ассасинов, опустошения их владений и покорения их крепостей и замков». По крайней мере в Персии удалось настолько оттеснить исмаилитов, что одно из главных лиц, на которых была возложена эта истребительная война, — Ширгир, атабек сына Мухаммада, Тогрула, окружил непроницаемой стеной войск само неприступное Орлиное гнездо — Аламут.
К началу 1118 года тяготы в горном замке возросли до крайней степени: в день каждому человеку выдавали по кусочку хлеба и по три ореха. Капитуляция при условии свободного отступления защитников была отвергнута Ширгиром. Но 18 апреля султан Мухаммад скончался в своем дворце в Исфахане. Мухаммеду исполнилось 37 лет, его старшему сыну — 14, двум другим около 9 лет. Предстояли неспокойные времена. Поэтому никакие приказы Ширгира не могли заставить войска выжидать. Солдаты разбежались, и Аламут был спасен.
При Мухаммаде значение и влияние клана Низам аль-Мулька вновь резко выросло. Сын великого визиря, Му-аййид аль-Мульк был убит врагом Мухаммада Беркяруком еще в 1099 году. Но внук, Насир аль-Мульк ибн Муайид аль-Мульк, служил Мухаммаду сначала в качестве его главного секретаря, а позднее визирем его сыновьям.
Этот последний период жизни Омар Хайям провел в основном в своем родном городе Нишапуре. Его положение вновь улучшилось, поскольку он снова оказался связан с сыновьями и внуками своего давнишнего покровителя Низам аль-Мулька. Причем особое значение, по-видимому, играли его отношения с детьми Муаййида аль-Мулька, в частности, с Фахр аль-Мульком. Об этом он упоминает в «Трактате о всеобщности существования»; «Когда я приобрел счастье службы праведному господину Фахр аль-Мульку, сыну Муаййида аль-Мулька и он одарил меня своими милостями, он потребовал от покорного слуги памятку о всеобщей науке. Это сочинено как трактат для удовлетворения этой просьбы».
Хайям продолжал заниматься педагогической деятельностью, преподавал в медрессе и давал уроки. И только иногда по делам или по приглашению друзей он выезжал в Балх, Мерв, Исфахан. В то же время он продолжал оставаться объектом скрытых и открытых насмешек и нападок со стороны врагов и завистников, в первую очередь со стороны правоверных ревнителей ортодоксальной суннитской веры, влияние которых при Мухаммаде и Санд-жаре медленно, но постоянно возрастало.