Еще больше положение Гесса укрепилось после прихода Гитлера к власти. В апреле 1933 года он был назначен заместителем фюрера, а в декабре – имперским министром без портфеля. Теперь он имел право выносить решения от имени Гитлера по всем вопросам партийного строительства и не только. Чем не замедлил воспользоваться. Вот что пишет о его бурной деятельности на посту заместителя по партии Б. Хаттон: «30 января 1933 года, в тот день, когда родился гитлеровский „тысячелетний рейх“, Гесс получил огромную власть. По его приказу нацистские организации начали методически уничтожать свободу и свободную мысль по всей Германии. Гесс решал, чему должны учиться молодые люди в университетах, школах и религиозных обществах. Он же издал приказ об организации Немецкого трудового фронта. Именно Гесс произносил клятву верности на всех партийных съездах, и Гесс решал, кого можно принимать в национал-социалистическую партию, а кого – нет».
Что же касается его полномочий в качестве имперского министра без портфеля, то, судя по характеристике, данной британскими историками в книге «Неизвестный Гесс», они были поистине безграничны: заместитель фюрера «руководил службами, имевшими отношение к закону, прессе, государственным финансам и налогообложению, образованию, общественным работам, занятости населения, промышленности и технологии, то есть, по сути дела, всеми аспектами правительственной деятельности». В общей сложности он ведал более чем двадцатью службами, составлявшими «истинную империю». Таким образом, как пишут историки, «новая должность Гесса предоставляла ему высшую власть над всеми аспектами правительственной деятельности, за исключением внешней политики и вооруженных сил». Но главной его обязанностью было «обеспечить, чтобы все законодательство соответствовало нацистской идеологии: любой законопроект, выдвинутый любым правительственным учреждением, должен был утверждаться им. По существу, без подписи Гесса нельзя было сделать ничего». Нередко он сам инициировал подготовку законопроектов, а некоторые подписывал лично. Так, в 1934 году Гесс принял участие в создании эсэсовских организаций, инициировав введение исключительных полномочий СД при рейхсфюрере. Его подпись стоит под античеловечным и поистине расистским законом 1935 года «О защите крови и чести» (так называемым печально знаменитым «Нюрнбергским законом»), лишавшим евреев германского гражданства. А еще, как пишет П. Пэдфилд, «он открыл важный департамент народного здравоохранения с двумя вспомогательными службами „по расовой политике“ и „по исследованию родства“, функция которой состояла в выявлении еврейской крови». Все это соответствовало духу и букве национал-социализма, который Гесс в своей речи на массовом митинге в 1934 году назвал не чем иным, как «прикладной биологией». Руководствуясь этим нацистским мировоззрением, гитлеровцы приступили к внедрению в практику «расовой гигиены» (евгеники). В том же году Гесс также фактически «узаконил» начало подготовки к войне, подписав закон о введении в Германии всеобщей воинской повинности.
Известно и о его участии в организации политических провокаций и тайных операций. Однако самые важные из них оказались провальными. Среди них прежде всего необходимо упомянуть об участии Гесса в операции по поджогу Рейхстага, получившей название провокации века. Правда, документальных подтверждений тому крайне мало, а те, что имеются, свидетельствуют о том, что в организации самого поджога он не был задействован. Его задача состояла в обеспечении «доказательств» вины в этом деянии коммунистов. В связи с этим П. Пэдфилд ссылается на письмо Гесса руководству СА, в котором тот спрашивает, «имеются ли в „распоряжении СА бывшие коммунисты, которые могут засвидетельствовать“, что поджог является одним из методов воздействия в арсенале коммунистической партии». По мнению историка, «он подыскивал таких людей для предстоящего „показательного суда“ над коммунистическими лидерами, которые вместе с молодым голландцем Ван дер Люббе должны были предстать перед трибуналом по обвинению в умышленном поджоге Рейхстага». Пэдфилд считает, что это письмо «подтверждает слова профсоюзного деятеля Йозефа Шеппа о том, что Гесс отвечал за поиск лжесвидетелей для суда». Но, как известно, суд не сумел установить связь между Ван дер Люббе и коммунистическими лидерами, и все старания Гесса пошли насмарку.