Ряд показаний свидетелей, в том числе тех, кто прошел через допросы в гестапо, заставляют задуматься: а был ли Мюллер в действительности таким, каким его изобразили многие послевоенные историки? Известны примеры, когда он защищал простых солдат или случайно задержанных граждан от произвола. Например, солдату, которому грозило заключение в темном карцере, Мюллер выправил у окулиста справку, по которой ему было противопоказано содержание в темноте. Известно, что он отпускал обвиняемых, вина которых не была доказана документально.
Его решение принять в центральный аппарат гестапо Франца-Йозефа Губера, который во времена Веймарской республики активно вел преследование нацистов, а позже открыто выражал недовольство Гитлером, можно объяснить старой дружбой или стремлением получить дополнительную информацию в обмен на продвижение по службе. Однако довольно трудно найти объяснение тому, что он неоднократно противодействовал уничтожению евреев и военнопленных. По обнаруженным в архивах воспоминаниям сотрудников гестапо и других ведомств, Мюллер часто находил аргументы для замены отправки в концлагеря перевербовкой пленных, а детей и специалистов рекомендовал не уничтожать, а онемечивать. Ряд его циркуляров был направлен на смягчение репрессий для евреев, имевших заслуги перед Германией. Нашлись даже документы, которые свидетельствовали о том, что Мюллер напрямую отдавал приказ лечить советских военнопленных. Он также санкционировал организацию комиссии, в задачи которой входило выявление злоупотреблений со стороны начальников концлагерей и охранников. В ходе проверки часть из них была осуждена судом СС за излишнюю жестокость и неоправданные убийства.
Разумеется, Мюллер не шел против непосредственного начальства «в лоб», от него ни разу не слышали пространных речей в защиту еврейского населения. Однако он нередко приводил вполне разумные аргументы в пользу того, что людей использовать значительно выгоднее, чем расстреливать или морить голодом в концлагерях. Мог ли Мюллер прекратить геноцид еврейского населения в Германии? Учитывая идеологию нацизма и личную ненависть правящей партии к евреям – не мог. Он мгновенно стал бы жертвой той системы, созданием которой занимался.
Еще одной странностью Мюллера, которую ему по необъяснимой причине прощали соратники по СС, было почти открытое восхищение СССР. Точнее, налаженной системой разведки и контрразведки. Мюллер считался лучшим экспертом по этим вопросам и составлял пространные докладные записки для многих высоких чинов Германии: Гитлера, Гейдриха, Гиммлера. Шелленберг и ряд других лиц упоминают о том, что уже в ходе войны он не раз высказывался о превосходстве военной организации противника и несовершенстве нацистской идеологии. Иными словами, позволял себе обсуждать вопросы, за которые любого другого отдал бы приказ доставить в гестапо.
В одной и бесед, по словам Шелленберга, Мюллер назвал национал-социализм «кучей отбросов на фоне безотрадной духовной пустыни», а Россию представил как образец единой и мощной бескомпромиссной силы. В ходе разговора Мюллер высказал еще одну идею: если бы это было в его компетенции, он бы предпочел заключить мировое соглашение со Сталиным. В тот момент Шелленберг счел это провокацией, однако позже пришел к выводу, что его собеседник стал идеологическим перевертышем и сторонником той самой коммунистической системы, с которой так долго и успешно боролся на заре своей карьеры. Аналогичное наблюдение сделал анонимный осведомитель Гелена, написавший, что Мюллер является скрытым сталинистом.
Другие современники подмечали, что группенфюрер в конце войны нередко высказывал опасные мысли о превосходстве России, бездарности командования, грядущей катастрофе.
Тем не менее, Гитлер продолжал доверять Мюллеру. В конце концов, разве не стараниями гестапо проводилось «окончательное решение еврейского вопроса»? Разве не Мюллера стоит благодарить за раскрытие разведывательных сетей и предотвращение диверсий? И разве не он сумел раскрыть покушения, совершенные на фюрера в пивной в ноябре 1939 года и позже, 20 июля 1944-го?