Однако преследование и массовое уничтожение распространялось не только на евреев, живших в Германии, в странах-союзницах и на оккупированных ими территориях, но и на представителей других этнических и социальных групп (славян, цыган, советских военнопленных, гомосексуалов, масонов, инвалидов и др.). По ранним послевоенным оценкам, для использования рабского труда, изоляции, наказания и уничтожения евреев и других групп населения, считавшихся «неполноценными», нацисты создали около 7 тысяч концлагерей и гетто. В 2000-х годах исследователи Мемориального музея Холокоста в Вашингтоне оценили их количество уже в 20 тысяч, а по последним данным того же музея, на территории Европы существовало более 42,5 тысячи подобных учреждений. Традиционно жертвами Холокоста считаются 6 млн евреев Европы. Это число значится в приговорах Нюрнбергского трибунала. Тем не менее, полного поименного списка жертв не существует. Некоторые специалисты оценивают общие потери еврейского народа примерно в 8 млн человек.
Процесс ликвидации «неполноценного» населения осуществлялся методично и планово. Так, уже в октябре 1941 года началась депортация евреев из Германии в гетто Польши, Прибалтики и Белоруссии. При этом стоит отметить, что поначалу польские лагеря вообще не были рассчитаны на проживание большого количества людей, а только на быстрое уничтожение новоприбывших. Для этого здесь начали применять так называемые газвагены (душегубки). Впервые они «заработали» в польском лагере смерти Хелмно (Кульмхоф), открытом в декабре 1941 года. В гетто г. Лодзь содержалось до 160 тысяч евреев, но после депортации их в Хелмно и другие лагеря оно перестало существовать. Весной 1942 года в лагере Белжец в ходе проведения одной лишь акции были отправлены на смерть 37 тысяч евреев из Люблинского воеводства. После этого сюда стали прибывать поезда с жертвами из Западной Украины (только из Львова в марте-августе 1942 года в лагерь было отправлено 65 тысяч евреев). С июля открыл свои двери перед смертниками еще один печально известный лагерь – Треблинка, где было уничтожено 870 тысяч узников. В их числе – 300 тысяч евреев из Варшавского гетто, самого крупного в Европе. В дальнейшем уничтожение евреев Польши получило название «Операция Рейнхард» – в честь убитого в Праге в мае 1942 года Рейнхарда Гейдриха. «Фабрики смерти» продолжали набирать обороты, и к концу 1942 года ликвидировали не только большинство евреев Восточной и Центральной Европы, но и значительную часть еврейского населения Западной Европы.
В концлагерях царили беззаконие, вседозволенность, лицемерие и жестокость. Напуганных до смерти узников встречали выродки и извращенцы в эсэсовской форме, за спинами которых красовались идеологические вывески. Так, по приказу Гиммлера, на щитах в Бухенвальде был прописан такой «нравственный кодекс»: «Существует только одна дорога к свободе. Ее вехи: послушание, прилежание, честность, трезвость, чистоплотность, жертвенность, чувство порядка, дисциплина и любовь к отечеству». Для людей, заранее обреченных на смерть, кощунственно звучали и другие надписи: «Справедливо или несправедливо – это моя родина» или «Каждому – свое». А на дверях Дахау было начертано: «Работа дарует свободу». Этот девиз был придуман для так называемых рабочих лагерей, где заключенные жили не более трех-шести месяцев. Так воплощался в жизнь пресловутый приказ Гиммлера об «умерщвлении работой». Правда, некоторые исследователи не считали гиммлеровские постулаты кощунственными. Так, французский историк Ж. Деларю полагал, что плакаты рейхсфюрера «были не плодом цинизма, а неосознанной проекцией уроков баварского учителя – его отца, который жил в памяти сына, несмотря на моря крови, пролитые им».