Мужской мочеиспускательный канал представляет собой мягкую эластичную трубку длиной около 15–22 см. Начинается от мочевого пузыря внутренним отверстием мочеиспускательного канала, расположенного на венце головки полового члена. Подразделяется на предстательную часть длиной около 3 см, располагающуюся внутри предстательной железы, перепончатую часть (до 1,5 см), лежащую в области дна таза от верхушки предстательной железы до луковицы полового члена, и губчатую часть, проходящую внутри губчатого тела полового члена. На задней стенке предстательной части находится продолговатое возвышение – гребень мочеиспускательного канала. Наиболее выступающая часть этого гребня носит название семенного холмика, или семенного бугорка, на вершине которого имеется углубление – предстательная маточка, являющаяся рудиментарным образованием. По сторонам от предстательной маточки открываются устья семявыбрасывающих протоков, а по окружности семенного холмика расположены отверстия выводных протоков предстательной железы.
Слизистая оболочка предстательной и перепончатой частей мочеиспускательного канала выстлана многорядным цилиндрическим эпителием, губчатой части – однослойным цилиндрическим, а в области головки члена – многослойным плоским эпителием. В слизистой оболочке заложено большое количество мелких слизистых желез. За слизистой оболочкой располагается слой гладких мышечных волокон.