Процессии флагеллантов были введены святым Антонием Падуанским (1195—1231). Напомнил о них в 1260 г. эремит Райнер в Италии, где в скором времени секта флагеллантов насчитывала в своих рядах около десяти тысяч человек. Отсюда она распространилась за Альпы, обнаружилась в Эльзасе, Баварии и в Польше, причем движению ее не могли воспрепятствовать никакие вмешательства и запреты со стороны правительственных властей.
Когда в 1349 г. в Германии с ужасающей силой свирепствовала чума, в Спиру из Швабии явились двести флагеллантов и ознакомили все население со своей методой самым подробным и добросовестным образом. Покаяние в грехах производилось два раза в течение дня. Утром и вечером расхаживали флагелланты по улицам парами, распевали псалмы под звон церковных колоколов и, по достижении назначенного для «покойных упражнений» места, обнажали верхнюю часть туловища (они носили обыкновенно только коротенькую полотняную куртку) и снимали обувь. Затем все укладывались крестообразно на землю, принимая различные положения, в зависимости от рода тех проступков, преступлений и прегрешений, в которых они приносили публичное покаяние. Согрешившие в супружеской жизни лежали лицом вниз, клятвопреступники укладывались на бок и лежали с приподнятыми кверху тремя пальцами и т.д. После этого экзекутор начинал свое дело и угощал каждого по заслугам его, затем заставлял отбывшего наказание подняться с земли, для чего произносил следующие слова: «Встань, прошедший чрез пытки чести, И остерегайся от дальнейших грехов».
Затем при пении псалмов раскаивающиеся начинали наказывать плетьми друг друга и только после этого громко взывали о прекращении смертоносной эпидемии чумы.
Интерес и воодушевление, проявленные по отношению к этой секте, были настолько велики, что церковь пришла даже в некоторое смущение от их религиозности: сектанты относились друг к другу очень строго и в своей резкости доходили до того, что один другого изгонял из своей среды, лишая при этом всех гражданских прав и состояния. Флагелланты распространили постепенно свое влияние на все церкви, а их новые псалмы и песни были преисполнены глубокой святости.
Начало 1349 г. стало пиком флагеллантского движения. Толпы людей, доходившие до 100 человек, постоянно перемещались по Германии, Франции, Швейцарии, Нидерландам. Сколько их было на самом деле, неизвестно. Полунагие, с красными полосами от ударов на теле, безмолвные или, распевая покаянные каноны, самобичеватели производили жуткое впечатление. Придя в какой-либо город, охваченный чумой, сектанты проделывали акт самобичевания, после которого один из самобичевателей прочитывал собравшейся толпе горожан письмо, которое ангел положил на алтарь Петра в Иерусалиме, где сам Бог призывал людей к покаянию. Затем следовал отчет о ходе чумной эпидемии, объяснялись причины ее появления и распространения и даже давались наставления, как лечить чуму. После этого шел обильный сбор пожертвований с населения. Когда же флагелланты явились в Авиньон и на глазах папы Климента VI провели сцену самобичевания, то произвели на него столь сильное впечатление, что движение это было объявлено ересью и подверглось преследованиям со стороны духовных и светских властей. Папа обнародовал против секты особую буллу. Немецкие епископы обнародовали апостольский указ и запретили сектантам селиться в их епархиях. К осени 1349 г. флагеллантское движение почти прекратило свое существование.
В 1414 г. стараниями немца по имени Конрад, секта снова была возвращена к жизни. Конрад всеми силами старался уверить толпу, что на него возложена божественная миссия, причем он и пророк Енох — это одно и то же лицо. Бог, мол, возвеличил флагеллантов и оттолкнул от себя папу римского; другого спасения души не существует, как только путем нового крещения крови, и именно одним средством: сечением и бичеванием. Теперь вмешалась уже сама инквизиция и наложила на предприятие Конрада свое вето. После громкого судебного разбирательства девяносто один человек из конрадовских единомышленников подверглись сожжению на костре только в одном Сангерсгаузене; в других городах также сожгли большое число этих фанатиков.
На Руси в период «черной смерти» царила не меньшая растерянность, чем в Западной Европе. Видя безуспешность, каких бы то ни было «профилактических мероприятий», население, что традиционно для русского менталитета, стало придерживаться фаталистических взглядов на свою судьбу. Люди считали, что «кому же Бог повелел, той умре, а его же Бог соблюде, той наказася страхом Господним, да проча дни и лета целомудренно и безгрешно проживет». Русское население усиленно молилось, строило церкви и пополняло казну монастырскую не хуже своих зарубежных соседей.