Внешне дело И.М. Великанова выглядит как небольшая составляющая масштабных репрессий, осуществленных Сталиным в рамках ликвидации «антисоветского военного заговора, подготовлявшего антисоветский вооруженный переворот с целью свержения советской власти» («Дело Тухачевского»), инспирированное германской разведкой. Но Тухачевский на И.М. Великанова и З.И. Михайлову (супруга Великанова — старший специалист этого же института) показаний не давал, хотя он назвал фамилии 20 руководящих работников, лично им завербованных и еще 44 фамилии участников заговора.
В 1993 г. В.И. Великанов выяснил почему третий пункт приговора военной коллегии его отцу гласил: «...Великанов в бытность свою в Японии в 1934 г. был завербован для шпионской и террористической деятельности японской разведкой и эту деятельность проводил вплоть до ареста...» В показаниях Х.Г. Раковского (1879—1941), с которыми был ознакомлен В.И. Великанов, содержатся важные подробности повышенного внимания японского командования к И.М. Великанову. В Токио член исполкома Красного Креста Найда и Великанов жили в одной комнате. Найда сообщил Раковскому, что «...как Великанов не конспирирует, он все же не может скрыть того, что он ведет какие-то самостоятельные переговоры с представителями японского правительства, с военными сферами. Военный министр Японии генерал Араки выказывал Великанову особые знаки внимания. Он предложил Великанову сесть рядом с ним во время фотографирования».
Действительно, такой человек, как Араки, не стал бы выказывать знаки внимания гражданскому члену делегации Красного Креста. Сам И.М. Великанов на следствии встречи с Араки не отрицал, но категорически отказался признать, что тот «вербовал его на шпионскую работу». Видимо, миссия, с которой И.М. Великанова посылали в Японию, удалась. И.М. Великанов (1998) вспоминает: «Отец вернулся из Японии уставшим, но в хорошем настроении».
Раковский был арестован 27 января 1936 г. 8 сентября 1937 г. на одном из допросов показал: «Я ехал в одном купе в Москву из Владивостока с Великановым. Я его спросил, чего касались переговоры с Араки? Великанов уклончиво ответил, что он принял задание японского военного министра, связанное с его специальностью, о характере которого он воздержался говорить ввиду его особой секретности».
Правду ли говорил Раковский, или его показания были «привязаны» к какой-то другой информации, сегодня уже не установить. Раковский был осужден на 20 лет, но в октябре 1941 г. его судили повторно и расстреляли в Медведевском лесу около Орла. В следственном деле Великанова есть пробел продолжительностью почти 3 месяца. Следствие по каким-то причинам постоянно отрабатывало «японскую версию». Вот выдержка из последнего протокола допроса от 10 марта 1938 г.:
«Вопрос: Вы пытаетесь скрыть свою шпионскую деятельность. Сейчас, когда эта сторона ваших преступлений установлена, ваше отрицание следствие может расценивать не иначе как продолжение вашей провокационной шпионской работы.
Ответ: Я продолжаю отрицать обвинение меня в шпионаже.
Вопрос: Помимо тех показаний, ранее вам предъявленных, изобличающих вас в шпионаже, вам предъявляются показания Халепского (бывший министр связи) в части, где он излагает ваш разговор с ним о вашей связи с японскими военными кругами. Имел место такой разговор?
Ответ: Нет. Подобного разговора у меня с Халепским не было. Это я отрицаю.
Вопрос: Вы хотите сказать, что Халепский вас оговаривает?
Ответ: Да, очевидно.
Вопрос: Чем же это объяснить? Разве Халепский с вами имеет личные счеты, в силу которых ему понадобилось вас оговаривать?
Ответ: Не знаю, чем это объяснять. Личных счетов у меня с ним не было никогда.
Вопрос: Разве Халепский не ваш сообщник по предательской деятельности?
Ответ: Нет, о его предательской деятельности мне ничего не известно.
Вопрос: Вам предъявляются показания Халепского, из которых устанавливается, что он является Вашим сообщником по антисоветской деятельности.
Ответ: Я отрицаю показания Халепского, так как они не отвечают действительности. Он моим сообщником никогда не был.
Собственноручная подпись — Великанов».