Так как во время войны, вся религия находилась в ведении не тылового, а военного немецкого командования, которое не занималось проведением Розенберговской политики по отношению к населению, то в середине августа 1941 г. экзарху Сергию удалось установить контакт с командованием группы армий «Север». Вскоре он получил разрешение направить православных миссионеров в занятые российские области для создания «Православной Миссии в освобожденных областях России». Организация миссионерской работы на Северо-западе России стала теперь главной заботой митрополита Сергия. Центром миссии стал Псков. Вскоре на оккупированную немцами Псковщину, прибыла целая миссия из 15 священников-эмигрантов из Прибалтики и выпускники парижского «евлогианского» Богословского института. Миссию возглавляли поочередно проторей Сергий Ефимов, затем прот. Николай Коливерский и прот. Кирилл Зайц. Хотя все храмы на этой территории были ранее закрыты или разрушены большевиками, религиозный подъем народа был столь огромным и неожиданным для Парижских эмигрантов, что один из них сохранил такое впечатление о первом богослужении:
— «...Нам показалось, что не священники приехали укреплять народ, а народ укрепляет священников»...
Владыка Сергий также взял на себя окормление православного населения областей, прилегавших к его экзархату и занятых немцами, которые относились к юрисдикции Лиенинградского митрополита. Это было законно с точки зрения канонического права, так как митрополит Ленинградский Алексий (Симанский) оказался в блокированном Ленинграде. В итоге, Псковская миссия охватила Псковскую, Новгородскою, отчасти Ленинградскую и Тверскую область — то есть, те территории, откуда шла — «РУСЬ ИЗНАЧАЛЬНАЯ и ЯЗЫЧЕСКАЯ».
Первый храм открытый Псковской миссией в Ленинградской области, состоялся 19 сентября 1941 г. в посёлке Тайцы, в местной церкви святого Алексия. Храм был закрыт в 1939 г. и превращен в клуб, а уже в сентябре 1941 г. местные жители добились разрешения германской администрации открыть любимую церковь. Вскоре рядом с ней запылал огромный костер — прихожане выносили из храма подшивки советских газет, портреты Ленина, Сталина и т. п. и бросали все это в огонь. Военнослужащие Вермахта находившихся в Тайцах, помогли побелить стены храма и изготовить для него кресты. Из соседней Александро-Невской церкви в Алексеевскую были перенесены чудом сохранившиеся там иконостас и утварь. На первую службу вместе с местными жителями пришли немецкие солдаты, а церковный хор часто приглашали для выступления в германский санаторий, разместившийся в бывшей усадьбе Демидова.
Интересный случай был в Вырице, которая в годы войны, стала крупнейшим церковным центром Гатчинского благочиния, Ленинградской епархии, на которой действовали пять храмов и два монастыря. Накануне войны все вырицкие церкви были закрыты, и первые богослужения возобновились в конце августа 1941 г. в храме Казанской иконы Божией Матери. Эта высокая деревянная церковь чуть не погибла при отступлении советских войск. Была послана специальная команда для ее подрыва, как возможной цели для наводки немецкой артиллерии, но офицера, которому было поручено руководство акцией, войдя в церковь, ударило молнией, он умер, а солдаты в панике разбежались. Успех миссии превзошел все ожидания. Во всей Псковской области после богоборческого режима советской власти к 1941 году из 1200 осталось всего 2 действующих храма и церковная жизнь фактически умерла. За время существования миссии в огромной области, было открыто больше 400 приходов. Кроме чисто религиозной деятельности, велась просветительная и социальная благотворительная работа, которая является основой для продвижения миссионерской работы. В конечном итоге на оккупированных территориях СССР фашисты открыли 10 тысяч церквей, 99% которых, были закрыты наступившей Советской армии.
Тайное правительство Рокфелера реально осознавало, что у Советов возникла серьезная опасность, что Гитлер сделает мученичество Русской Православной Церкви своим политическим козырем — то была сильная карта! Поэтому, чтоб отнять эти козыри и успокоить западную общественность, что типа «Антанта помогает антихристам», союзники потребовали обеспечить свободу религии в СССР.