Были пересмотрены уставы и руководства. Поведение офицеров и унтер-офицеров стало строго регламентироваться. Медицинская служба подверглась изменениям (не пошедшим, впрочем, ей на пользу), а замшелый Корпус Интендантов и Возчиков был преобразован в соответствии с требованиями девятнадцатого, а не восемнадцатого века. Отдельного внимания герцога удостоилась униформа. Он основал также военносиротское заведение в Челси и военное училище в Сандхерсте. Именно Фридрих-Август в 1803 году создал специальное управление военных знаний, которое должно было, наряду с изучением опыта прошлых войн и составлением карт, заниматься также изучением иностранных армий, в том числе и на основе информации, получаемой от специальных агентов за рубежом. Управление постепенно превратилось в разведывательный департамент военного ведомства.
Надо заметить, что мечта о военных лаврах никогда не оставляла герцога Йоркского. После первых успехов Веллингтона в 1808 году Фридрих-Август начал домогаться поста командующего контингентом в Португалии и Испании. Может, ему, в конце концов, что-то и обломилось бы, хотя его «успехи» в Голландии были ещё свежи в памяти, но тут, весьма некстати, разоткровенничалась его бывшая любовница. С мадам Кларк, сменившей в его постели законную супругу, герцог полюбовно расстался в середине 1808 года. Спустя семь месяцев денежное содержание, обещанное брошенной метрессе, иссякло, а, когда госпожа Кларк обратилась к герцогу за объяснениями, тот пригрозил ей позорным столбом и тюрьмой. С кем-то другим номер, может, и прошёл бы, но мадам Кларк была тётенька хваткая. Она выложила всё, что ей было известно о грязных делишках герцога, члену Палаты Общин полковнику Уордлу. 27 января 1809 года полковник на заседании парламента выступил с предложением «назначить комиссию для расследования деятельности главнокомандующего относительно производства в чины и перемещений в армии». Поднялась шумиха, да какая! Мелкое озорство герцога, вроде махинаций на скачках или неуплаты карточных долгов, обычно затмевалось скандальными выходками его старшего брата, но теперь принц Уэльский был прочно забыт. У всех на устах был Фридрих-Август. Выяснилось, что с его благословения госпожа Кларк открыто торговала офицерскими патентами по сниженным ценам. Так, майорский чин вместо положенных 2600 ф.ст. она продавала за 900, капитанский – за 700 вместо 1500. В Сити существовала целая контора по продаже званий по «демпинговым» ценам, причём её служащие не считали нужным скрывать, что являются поверенными могущественной фаворитки. Были преданы огласке случаи, когда Главнокомандующий переводил офицеров на половинный оклад, принуждая совершить сделку с его любовницей; когда мальчики, не окончившие школу, получали звания лейтенантов; полковыми лекарями становились господа, далёкие от медицины, впрочем, их предполагаемым пациентам это ничем не грозило, ибо новоиспечённых докторов на месте службы ни разу не видели. Сладкая парочка не ограничивалась военными должностями, за умеренную плату желающие могли раздобыть себе сан епископа или настоятеля. 20 марта 1809 года герцог был вынужден подать в отставку с поста Главнокомандующего в обмен на прекращение расследования его шалостей в военном ведомстве.
В забвении он пребывал недолго. Несмотря на непростые отношения между братьями, первое, что сделал принц Уэльский, став регентом в 1811 году, - восстановил братца Фредди в должности Главнокомандующего, которую он и занимал до самой смерти 5 января 1827 года. Спустя несколько лет после кончины герцога его память была увековечена сооружением колонны на площади Ватерлоо. Средства для постройки памятника собрали, «добровольно-принудительно» лишив английских военных однодневного жалования. В 1839 году на вершине колонны появилась статуя, и остряки шутили, что на такой высоте (38 метров) герцог впервые в жизни недосягаем для кредиторов (а после смерти он оставил около двух миллионов ф.ст. долгов. Для сравнения: бюджет военного ведомства в те годы составлял 23 миллиона ф.ст.).