Но, несмотря на это, его следует относить к новому времени или, по меньшей мере, считать его занимающим переходное место, ибо в его мышлении господствовали анатомия и физиология. Заслуга Лаэннека, его великого противника, заключается в пропаганде перкуссии. В 1761 г. венский врач Леопольд Ауенбруггер опубликовал свое сочинение «Inventum novum», типичный пример того, как доступное всем наблюдение может сопровождаться большим шагом вперед благодаря размышлению. Ауенбруггер видел, как трактирщики выстукивали бочки, чтобы определить, сколько в них осталось вина. Как врач он предположил, что таким же образом можно определять, имеется ли в грудной полости жидкость, которую обыкновенно обнаруживали при вскрытии трупов людей, умерших от воспаления плевры. Ауенбруггер, несомненно, произвел много исследований и опытов, прежде чем выступил со своим учением, которое стало основой для физических методов исследования в медицине, сочетавшихся с аускультацией, т. е. выслушиванием. Но вначале учение о перкуссии разделило судьбу многих других великих достижений: оно было забыто. Французы Корвизар, а затем Лаэннек впоследствии извлекли его из–под спуда, и с того времени оно стало достоянием врачей. Сочинение Лаэннека появилось в 1819 г., через десять лет после смерти Ауенбруггера, и содержало классическое описание перкуссии и аускультации, а попутно и заболеваний дыхательных органов и сердца; все это было основано на исследованиях при вскрытии трупов, на сравнении этих данных с клинической картиной болезней и на ясном мышлении.
Приблизительно в это же время был достигнут и другой блестящий успех практической медицины и притом в профилактике: англичанин Дженнер предложил предохранительную прививку против оспы. Он наблюдал, что коровницы, у которых на пальцах появлялись признаки заболевания коровьей оспой, впоследствии не заболевали натуральной оспой. На основании этого наблюдения он привил мальчику содержимое пустулы коровьей оспы, т. е. воспроизвел то, что происходило с коровницами. Он рассчитывал, что при очередной эпидемии оспы этот мальчик не заболеет. Его предположение подтвердилось, и прививка против оспы была признана на всем континенте.
Огромные успехи в научном мышлении следует отнести к 1842 г., когда Карл Рокитанский выпустил первый том своей трехтомной «Патологической анатомии» и этим придал другое направление всему мышлению врачей своего времени и других поколений. Как прозектор городской больницы в Вене он вскрывал тысячи трупов не только для того, чтобы установить причину смерти и обнаружить проявления заболевания, но и для того, чтобы создать себе ясную картину болезни с точки зрения анатома, а затем привести ее в соответствие с симптомами, наблюдавшимися у постели больного, и с поставленным там диагнозом, или установить расхождение между первой и вторыми.
Он добивался большего, чем то, что в свое время сделал Морганьи, когда он писал свою знаменитую книгу о местонахождении болезней. Рокитанский, в совершенстве владевший искусством производить вскрытия, все то, к чему он стремился и чего достиг, определил в своей речи при своем уходе в отставку: «В соответствии с настоятельной Потребностью нашего времени, я занимался патологической анатомией преимущественно в направлении, плодотворном для клинической медицины, и добился для патологической анатомии такого значения, что смог ее назвать существенным фундаментом патологической физиологии и элементарным учением естествознания в области медицины … В тесной связи со всеми медицинскими предметами она не только принесла свет к постели больного и всяческие благодеяния, но и расширила науку о жизни вообще и тем самым область естественных наук».
Рокитанский хотел установить картину болезни в целом, например воспаления легких, и определить ее причинную связь с наблюдавшимися симптомами. При многих болезнях это было возможно, при некоторых этого не удавалось сделать, и для таких случаев он создал учение о кразисе (о смешении). Наблюдаются болезни, невидимые при вскрытии; и вот отсутствующие патологоанатомические данные он заменил теорией, своим учением о кразисе. Молодой Вирхов тогда проявил смелость и отверг это учение. Вирхов был прав: учение о кразисе было лишено почвы. Рокитанский основывался на следующих соображениях: общей для органов и всех тканей является кровь; только кровь может способствовать возникновению заболеваний, которых мы не находили при вскрытии и причин которых мы поэтому не распознаем. Либо сама кровь, либо жидкость, выделяющаяся из нее в межклеточные промежутки, может вызывать болезни, причины которых нам неизвестны. Это учение о кразисе казалось и современникам Рокитанского, и врачам последующих десятилетий фантастическим, и они отвергали его.
Рокитанский впоследствии сам отказался от своего учения и исключил эту главу из нового издания своей «Патологической анатомии». Но в наше время об этом думают иначе и в учении о кразисе находят мысли, которые впоследствии способствовали созданию серологии, аллергологии и эндокринологии.