Комиссия М. С. Кедрова в Воронеже, Курске, Орле обследовала исправительные учреждения и рассмотрела дела содержавшихся в них арестованных: часть из них была освобождена с воспрещением въезда в прифронтовую полосу, другая — за уголовные преступления — «присуждена к окопным работам», изобличенные в контрреволюционной деятельности — отправлены в исправительно-трудовые учреждения. В одном только Воронеже за несколько дней было рассмотрено более 600 дел. Причем большинство арестованных было освобождено. Обследование мест заключения способствовало укреплению законности в деятельности губернских ЧК и администрации исправительно-трудовых учреждений.
Работа, проделанная комиссией М. С. Кедрова совместно с местными партийными и чекистскими органами, обеспечила укрепление тыла Южного фронта.
В середине августа «поезд ВЧК» вернулся в Москву. Но вскоре М. С. Кедров, как член коллегии ВЧК, отправился на Западный фронт. Он посетил Смоленск, Оршу, Могилев, Гомель. В поездке он занимался укреплением тыла Западного фронта, оказанием помощи особым отделам и местным ЧК в ликвидации контрреволюционного подполья и вражеской агентуры, проверкой строительства оборонительных рубежей.
Дольше, чем в других пунктах, Кедров задержался в Гомеле. Гомельский укрепленный район с развитым железнодорожным узлом был расположен на стыке Западного и Южного фронтов. После падения Киева он приобрел не только оперативно-тактическое, но и стратегическое значение. И было очень важно удержать его. Прибывшие сюда из Киева Я. X. Петерс, председатель ВУЧК М. Я. Лацис, член Военсовета и начальник политотдела ВНУС К. А. Мехоношин и М. С. Кедров обсудили создавшееся положение и решили образовать Совет обороны Гомельского укрепрайона, подчинив его командованию Западного фронта; разгрузить Гомельский узел от скопившихся железнодорожных составов и грузов; просить Москву усилить этот боевой участок войсками. М. С. Кедров согласился взять на себя обязанности командующего и председателя Совета обороны Гомельского укрепленного района. Сохранилась телеграфная лента разговора Мехоношина и Кедрова по прямому проводу с Ф. Э. Дзержинским:
«Ввиду исключительного стратегического значения Гомеля, находящегося под ударами Деникина и поляков, пришлось экстренно образовать Совет укрепленного Гомельского района под временным председательством Кедрова… Полагаем, что более целесообразно подчинение Гомельского Совета Зап. фронту… Сил здесь мало, и просили бы, если представится возможность, направить в Гомель два батальона надежных войск внутренней охраны, а формируемую здесь бригаду войск ВЧК подчинить Совету укрепленного района. Просим ускорить утверждение образованного Совета. Кедров. Мехоношин». Дзержинский ответил, что сообщение пересылает в Реввоенсовет и будет настаивать на срочном ответе. С записью разговора 4 сентября ознакомился В. И. Ленин. Затем ленту переговоров он направил в Реввоенсовет Э. М. Склянскому с поручением:
Готовность взять на себя ответственность была в характере Кедрова. Он всегда так поступал. Например, во время командировки в Сибирь в 1917 г. Сошлемся на его воспоминания: «Октябрьский переворот поставил перед (Омской) парторганизацией задачу — кого поставить во главе Омского Совета рабочих и солдатских депутатов. Не было соответствующих лиц. Председателем исполкома продолжал оставаться (меньшевик) — интернационалист. На сделанное ему большевиками предложение продолжать работу при Советской власти выставил ряд требований и подал заявление об уходе. Ведение этих переговоров совпало с моим приездом в Омск. Моя точка зрения была такова, что никаких принципиальных уступок (меньшевикам) делать не годится, и, если указанное лицо будет настаивать на своем, подал мысль выдвинуть мою кандидатуру в председатели исполкома. Это предложение встретило полное одобрение.
Председатель подчинился требованию Комитета о большевистском составе исполкома, отказался отстаивать свое требование о блоке с соглашателями и признал руководство Советом партийного комитета».
М. С. Кедров принадлежал к той части революционеров — их у нас справедливо называют ленинской гвардией, — которой по плечу была и тяжелейшая ноша, и огромная ответственность.
Под руководством М. С. Кедрова Гомельский укрепленный район стал плацдармом, с которого в ноябре началось наступление 12-й армии на Чернигов и Киев. Кедров организовал разгрузку Гомельского железнодорожного узла, эвакуацию ценных грузов в глубь страны. Здесь ему пригодился опыт по разгрузке продовольственных грузов на станциях Московского узла, которую он проводил по личному поручению В. И. Ленина.