Может создаться впечатление, что Фуко довольно близок к Марксу как в своей критике договорных теорий возникновения государства, так и в трактовке государства как узаконенной формы насилия. Однако и в вопросе о государстве многое отделяет Фуко от Маркса: во-первых, согласно Марксу, область политического находится в зависимости от сферы экономических отношений, так что государственная власть оказывается выразительницей интересов экономически господствующего класса; во-вторых, Маркса интересовал прежде всего конфликт двух главных противоборствующих сил общества — буржуазии и пролетариата. И если буржуазия уже обладала властью, то пролетариат только стремился к ней. Таким образом, обоим классам были присущи государственные амбиции и стремление к универсализации общества, к его гомогенизации. Фуко же, как уже сказано выше, не приемлет универсалистских притязаний, проявляются ли они со стороны буржуазии или пролетариата или с какой-либо другой стороны.
Тут мы оказываемся перед третьей особенностью генеалогии Фуко, она вырастает из особой его трактовки понятия субъекта. В своем выступлении в феврале 1969 года во Французском философском обществе Фуко говорил о том, что не автор создает текст, а скорее текст формирует автора как свою функцию. Эти слова до сих пор вызывают у многих чувство протеста, мы привыкли думать, что автор раскрывается в тексте, что дискурсы составляют творение автора (шире, субъекта), а не наоборот, как заставляет нас думать Фуко. Можно вспомнить в этой связи и то, как в работе «Воля к знанию» Фуко нападает на распространенную в современных обществах процедуру «признания». В ее основе лежит предположение, что есть некий субъект со своей внутренней жизнью, эмоциями, мыслями и их-то и нужно обнаружить, а это необходимо в силу разных причин. Этого требует церковная исповедь, судебная власть добивается признания от преступников, наподобие их и литератор стремится проникнуть внутрь собственной души, чтобы почерпнуть в ней материал для своих произведений. Однако мнение о том, что Фуко отрицает «автора», «субъекта», ошибочно. Мысль Фуко иная, он выступает против субъекта как метафизической данности и доказывает, что субъект представляет собой сложное образование, он формируется потоком дискурсов, среди которых мы живем, а также, что особенно четко выражено в лекциях «Нужно защищать общество», его конституируют политическая или институциональная власть и его собственное сопротивление им.