Своими премудрыми поучениями он подвигал немилосердных и жестоких богачей на милость к нищим, ибо сам был настолько милостив и нищелюбив, что неоднократно по ночам ходил один, чтобы подать все необходимое больным и немощным. Кротостью своих слов он привлекал всех к Божественной воле. Премудрый привел в христианскую веру даже многих неверных, обратив их от заблуждения. Слух о нем прошел повсюду, так что к нему приходили многие. Узнали о нем и в Великой Церкви, и захотели его увидеть.
Через два года Собор архиереев Константинопольской Церкви вызвал его по неотложным Церковным делам в столицу. Это случилось устроением Божиим, так как светильник, поставленный на более высоком месте, светит всем. Когда святой прибыл в Константинополь, то патриарх, архиереи, весь клир и народ приняли его со всеми почестями за его добродетель и премудрое руководство паствой. Там же был и Захария, они облобызались и радовались безмерно. При этом исполнилось пророчество божественного Захарии о том, что они встретятся еще в этой жизни. Однако через несколько дней святейший Захария, заболев, отошел ко Господу, божественный же Нифон со всеми почестями благоговейно предал погребению его честные останки.
Спустя немного времени преставился о Господе и Константинопольский патриарх, и тут же, без промедления, все архиереи и клирики царской властью возвели на Вселенский престол премудрого Нифона, против его воли. Имея в святой своей душе ревность по Богу, он громогласно стал проповедовать, как новый апостол, Божественное учение, вразумляя, в меру запрещая, всячески стараясь отогнать волков от стада Христова и укрепить Православие. Божественными своими и премудрыми словами он спас многих неверных, которые принимали от него Божественное Крещение и, укрепляемые его молитвами, возвращались к себе на родину. После Крещения они старались держаться в стороне, чтобы избежать опасности от нечестивых.
Радовалась Церковь Христова, имея такового светильника, сияющего во всей вселенной, и не было в те времена другого, подобного ему. Однако ненавистник добра диавол не смог вынести известности преподобного, но подвиг некоторых клириков–скандалистов разлучить святого с его паствой. Сговорившись против доброго пастыря, они указом султана изгнали его из Патриархии.
Не понимая, за что его с таким бессмысленным гневом изгоняют, святой недоумевал и печалился, но не оттого, что лишился престола, но из–за того, что христиане лишаются спасения. Зная, что все это козни лукавого, он молил Господа простить грехи тем скандалистам, обратить их и дать возможность покаяться. Сам же он радовался, что избавился от забот, и может насладиться желанным безмолвием. Он вернулся в Созополь, в обитель Честного Предтечи, и стал безмолвствовать. Проводил он жизнь в высшей степени удивительную, и слух о нем распространился по многим областям, так что христиане приходили, чтобы увидеть святого и послушать его душеполезное учение.
После того как он прожил в монастыре два года, его снова пригласили в Константинополь, и Нифон во второй раз занял Вселенский престол. Он снова стал сиять, как светильник на подсвечнике, просвещая всю вселенную своими удивительными поучениями. Но диавол снова не смог вынести дерзновения святого, поэтому замыслил изгнать его другим способом. Однажды, когда преподобный возвращался в Патриархию из той церкви, где служил, он внезапно встретил на дороге султана. Посторонившись, Патриарх приветствовал его по достоинству, однако гордый султан, желавший, чтобы ему оказывали почести как Богу, оскорбил святого, заявив, что он не умеет почитать царей как подобает. Ничего не ответив, смиренномудрый Нифон ушел, подумав про себя:«И это твои проделки, лукавый бес». Когда султан вернулся во дворец, он приказал сослать святого в Адрианополь, в сопровождении двух воинов. По дороге в Адрианополь солдаты причинили ему много зла, но Бог сохранил его невредимым. Придя на место, ему позволили жить в церкви святого Стефана под строгой охраной. Благодаря Бога, Который позволил ему в утешение жить и служить при церкви первомученика, святой Нифон радовался и прославлял Господа, ибо был предан Ему всей душой и не надеялся на помощь людей.