В те дни в школу зашел некий иеромонах по имени Иосиф, превосходный учитель и муж весьма добродетельный. Пообщавшись и поговорив с ним в достаточной степени, сей добрый Николай попросил монаха взять его с собой, но так, чтобы никто об этом не узнал, потому что боялся, что ему могут помешать. С радостью приняв его, Иосиф тайно ушел с ним и стал учить его философии. Придя в Эпидавр, они услышали, что в этой местности подвизается некий отшельник Антоний, весьма добродетельный и подражатель во всем Антонию Великому, и пошли к нему за благословением. Побеседовав с ним некоторое время и приняв его божественные наставления, они возрадовались душой. Затем Иосиф, испросив у старца благословение, ушел, а Николай бросившись к ногам Антония, со слезами просил разрешения остаться с ним. Ссылаясь на труды подвижника, тесноту и, особенно, юный возраст Николая, Антоний пытался его отговорить, но тот, сгорая от любви к Богу, еще более настаивал и просил:«Отче, все, что мне повелишь, с радостью буду исполнять, только не лишай меня общения с собою». Видя его сильную ревность, старец принял его, дал ему келью и подвижническое правило. И добрый Николай предался подвижническим трудам, во всем подражая старцу, которого скоро попросил облечь его в монашеские одежды. Божественный Антоний отвечал ему:«Поскольку ты, чадо, хочешь приять монашеский образ, знай, что должен будешь предаваться большим подвигам и трудам, чтобы враг не нашел тебя спящим и не растерзал, ибо он коварен и завистлив по отношению к нам, монахам. Потому мы должны много подвизаться, чтобы узким и скорбным путем прийти к наслаждению вечной жизнью». После этого старец облек Николая в монашеские одежды, переименовав его в Нифона.
С той поры блаженный Нифон стал еще больше подвизаться в подвигах монашеского жительства. Когда приходил к нему помысел о богатстве, или о родителях, ибо враг постоянно заставлял его вспоминать о них, чтобы обольстить, он тотчас же бежал к старцу, припадал к его ногам и со слезами исповедовался, а, укрепившись и получив утешение, с молитвой и благословением возвращался к себе в келью. На хлеб Нифон зарабатывал переписыванием книг, ибо был прекрасным переписчиком. Кроме того, он никогда не празднословил, в скиту никогда не смеялся, никакую церковную книгу без слез не прочитывал и никогда не заговаривал без благословения старца. Через некоторое время стал он совершенным во всех чинах монашеского жительства, но вскоре присноблаженный Антоний упокоился о Господе. Нифон безутешно плакал, потому что лишился духовного отца.
Похоронив старца, он довольно долгое время провел в одиночестве, но однажды услышал, что в городе Нарда есть премудрый, весьма добродетельный учитель по имени Захария, который недавно пришел со Святой Горы. Желая получить от него плод премудрости и изучить Святогорские порядки, Нифон пришел к нему и, исповедавшись, попросил остаться у него, и Захария начал учить юношу тому, чего тот так желал.
В то время в Церквах было сильное возмущение по причине Флорентийского лжесобора, состоявшегося при Иоанне Палеологе. Восточные Церкви никак не хотели согласиться с его решениями. Поэтому премудрый Захария вместе со священным Нифоном пошли в Аскалон, уча христиан твердо стоять в Православии, следовать учению святых апостолов и соблюдать постановления Вселенских Соборов. Уйдя из Аскалона, они пришли в один город, правителем которого был Георгий Скандер. Он принял их с большими почестями и благоговением, потому что ранее слышал о них. Оказав им гостеприимство, правитель удержал их во дворце, а премудрого Захарию сделал своим духовником. В то время в Константинополе умер царь Иоанн Палеолог и вместо него на престол взошел его брат Константин. Созвав Собор, он объявил решения Флорентийского собора недействительными. Через некоторое время, видимо судами Божиими, в 453 году турки взяли Константинополь. Повсюду было великое кровопролитие, и христиане метались с места на место, ища укрытия. Захария и Нифон, пока не утихла эта бойня, скрывались некоторое время на горе, а потом пошли в Охриду, в монастырь Пресвятой Богородицы. Там они и остались, а Нифон продолжал прилежно учиться от учителя своего Захарии.
В то время упокоился о Господе епископ Охридский Николай. Для назначения нового епископа собралось священноначалие, клирики и множество народа, прося Захарию принять архиерейский сан, ибо он всем был известен своей добродетелью и премудростью. Он же уничижал себя, говоря, что недостоин принять на себя тяжесть спасения стольких душ, так как едва может спасти и собственную. Но те не переставали просить и умолять его до тех пор, пока он не согласился.