С 1802 г. Голландия оказалась под французским протекторатом, а с 1810 г. и вовсе была присоединена к Франции. Наполеон Бонапарт назначил в 1807 г. французского губернатора Индонезии, которым стал маршал Дандельс. Именно ему была поручена организация обороны Индонезии от возможного нападения английских войск. В поисках финансовых средств французская администрация увеличила практику принуждения местного населения к выращиванию кофе и ряда других, суливших прибыли культур. В практику вошла продажа земельных участков вместе с находившимися на них крестьянами. Однако в 1811 г. к берегам Индонезии подплыла английская военная эскадра во главе с генерал-губернатором Индии Минто. Фактически без боя им удалось захватить Батавию. Голландцы вынуждены были отступить и вскоре подписали капитуляцию. Индонезия таким образом перешла под контроль Великобритании.
Индонезия в административном отношении была разделена англичанами на четыре части – Малакка, Западная Суматра, Молукки и Ява с прилегающими к ней островами, во главе которых был поставлен свой губернатор.
Наиболее важной территорией по-прежнему оставалась Ява. На этом острове английская администрация во главе с губернатором Рафльсом попыталась провести ряд экономических реформ в интересах английского капитала, взяв на вооружение свой индийский опыт. Так, в частности, ими была в сельском хозяйстве введена система, очень напоминавшая райятвари в Индии. Вся земля на Яве была объявлена государственной собственностью Великобритании, а находившиеся на ней крестьяне становились арендаторами, имевшими право передавать по наследству обрабатываемые ими угодья. Существовал налог-рента, выплачиваемый в денежной форме, размер которой был индивидуальным для каждого арендатора. Была ликвидирована монополия на торговлю, внутренние пошлины, поощрялось создание плантационных хозяйств, в том числе и на территории княжеств, где местные правители передавали землю в аренду европейским плантаторам вместе с обрабатывавшими их крестьянами.
Индонезия была открыта для иностранной торговли, в том числе и для американской. Рафльс ограничивал на землях, которые непосредственно управлялись англичанами, права местной элиты, в частности, в исполнении ими судебных функций, сбора налогов и т. д.
Вскоре англичане присоединили к своим владениям Джокьякарту, где у власти поставили лояльного себе правителя, в 1811 г. – часть территории Палембанга, а в 1813 г. – и Бантам.
Голландия вновь стала независимым государством после распада Первой империи во Франции. Великобритания решила возвратить ей некоторые из прежних владений на территории Индонезии. Голландский король хотел большего – возврата всех ранее утерянных территорий архипелага, но это тогда не входило в планы Великобритании.
В августе 1814 г. был подписан англо-голландский договор, согласно которому Голландии возвращались все принадлежавшие им ранее индонезийские владения. Но на практике этот процесс длился в течение пяти лет. Особенно англичане не хотели возврата Палембанга, который имел для них важное стратегическое значение в регионе. Лишь построив крепость Сингапур, британцы несколько успокоились. В 1824 г. между двумя странами был подписан новый договор о разграничении сфер влияния в Индонезии. Голландцы признали независимость Аче и особые интересы там Великобритании, а в ответ англичане отказались от своих планов в отношении контроля Суматры и ряда других территорий. Голландцы обязывались дать налоговые льготы для английских товаров, что в значительной мере обеспечивало экономические интересы Великобритании. Чтобы эффективно противостоять конкуренции со стороны Великобритании и США, в 1824 г. голландцами было образовано Нидерландское торговое общество, представлявшее из себя акционерную компанию, крупнейшим пайщиком которой являлся лично голландский монарх. Голландцы приступили к ликвидации установленной англичанами системы управления и хотели возврата прежних порядков, основанных на своем монопольном праве распоряжения всеми делами колонии. Ими была запрещена аренда европейцами земель в княжествах, восстановлена прежняя система сбора налогов и т. д. Все это вызывало недовольство как со стороны представителей местной элиты, лишавшейся значительной части своих доходов, так и крестьянства, эксплуатация которого, особенно на Яве, усилилась. Все это, в конечном итоге, привело к одному из самых сильных в колониальный период выступлений местного населения.