В конце XVIII в. на территории Херсонеса побывал другой известный путешественник и ученый Э. Кларк. В своем труде «Путешествияпо разным странам Европы, Азии и Африки», вышедшем в двух томах в 1810—1816 гг., Кларк сурово осуждает русские власти за умышленное уничтожение древнего города. Он забывает, что его соотечественники не были в этом отношении более щепетильными, а лорд Элгин действовал на афинском акрополе как настоящий варвар. Заслуга Кларка в том, что он составил план руин на нынешнем Маячном полуострове, относя их к упомянутому Страбоном «старому Херсонесу». План дополнил работу русских военных топографов XVIII в.
Из русских путешественников по Крыму в первой четверти XIX в. наибольшей эрудицией отличался И.М. Муравьев-Апостол. Этот прекрасно ориентировавшийся в античной литературе ученый поставил целью определить соответствие древних населенных пунктов и географических названий современным. Попутно он давал описание заинтересовавших его памятников, тем более для нас ценное, что многие из них впоследствии бесследно исчезли.
Развалины тянулись от Карантинной бухты до Круглого залива. Но кто мог бы вслед за Мартином Броневским сказать: «Они достойны удивления». Ничто не говорило о великолепном, богатом, многолюдном городе. Не попали ли мы в каменоломню? То там, то здесь можно увидеть матросов, вооруженных ломами. Под тяжестью огромных квадров скрипят фуры. Давно исчезли приморские стены и башни, которые наблюдались путешественниками в XVIII в. Всюду царит «мерзость запустения».
Таким был Херсонес Таврический в 1827 г. Он напоминал необитаемый остров, лишь изредка посещаемый пиратами. Кто же был первым Робинзоном на этом клочке земли? Имя его почти совпадает с героем Даниэля Дефо. Крузе был лейтенантом российского флота. Подобно Муравьеву-Апостолу и другим образованным россиянам своего времени, он видел в развалинах древнего города нечто большее, чем склад дарового материала.
Раскопками Крузе были вскрыты три средневековые базилики, которые сохранили в современных археологических планах Херсонеса его имя. Крузе вел исследования и в районе так называемого Страбонова Херсонеса. Определенный вклад в археологическое изучение Херсонеса внес энтузиаст археологии граф Алексей Степанович Уваров (1826—1884). В 1847—1848 гг. он производил свои первые разведки и раскопки от устья Дуная до Таманского полуострова.
Вооруженный этим опытом, в 1853 г. молодой ученый прибыл в Херсонес. Его привлекли две группы памятников: за городской чертой — погребения, внутри города — христианские храмы. Раскопки Уваровым херсонесских гробниц, несмотря на недостатки их научной методики, впервые дали представление о погребальном обряде херсонеситов. Исследованная им гробница представляла собой склеп, выдолбленный в стене. По трем сторонам небольшой четырехугольной комнаты располагались ниши для тел. В головах покойников ставилась стеклянная слезница, у ног были сосуды, с правой стороны — светильники, с левой — нож или оружие. Женщин украшали бусами, подвесками, золотыми или серебряными кольцами. Иногда рядом с ними помещались бронзовые зеркала. Уварова, естественно, заинтересовала датировка херсонесских погребений. Он ее установил по встречавшимся в них монетам. Это были монеты римских и византийских императоров первых девяти столетий новой эры. Более древние гробницы не встретились.
В северной части города, на крутом морском берегу, Уварову удалось раскопать большую базилику, носящую в археологической литературе его имя. Во всю длину базилики в два ряда располагались мраморные колонны, делившие ее на три части. Средняя часть была вымощена плитами белого мрамора, боковые — мозаикой. На некоторых колоннах увековечены имена граждан, пожертвовавших деньги на их возведение. Одной из самых интересных находок стала древняя надпись с указанием затрат на сооружение храма Артемиды. Она позволила Уварову прийти к выводу, что христианская базилика перестроена из материала языческого храма в IV в. В современной науке эту перестройку датируют VI в.
Вскоре после раскопок А.С. Уварова территория Херсонесского городища превратилась в арену жестоких боев между героически оборонявшими Севастополь русскими войсками и наступавшей англо-франко-турецкой армией. В районе Херсонесской гавани французские саперы вырыли траншею и оборудовали площадки под батареи. Рвавшиеся снаряды разрушали древние стены. Покидая Севастополь, англичане и французы прихватили с собой приглянувшиеся им антики Херсонеса.