Сергей Иванович, возглавлявший тогда Государственный оптический институт в Йошкар-Оле, написал Сталину резкое письмо, где доказывал невиновность брата. Его вызвали в Москву. Сталин встретил Сергея очень приветливо, сказал, что рад знакомству, знает и ценит его научные труды… и вдруг предложил ему возглавить Академию наук СССР. Сергей Иванович не ожидал такого оборота дела, стал отказываться, вспомнил и о репрессированном брате. Однако Сталин был настроен столь благостно, что только улыбался, видя его растерянность, и еще раз повторил, что объективные обстоятельства в данном случае не играют никакой роли и Сергей Иванович должен стать президентом академии по политическим соображениям. Он — физик, а эта наука играет особую роль. Не сразу и с трудом Сергей Иванович выдавил из себя «да», и Сталин продолжал разговор в прежней дружелюбной манере. Поинтересовался, нет ли каких личных просьб к правительству, не нужна ли для семьи более просторная квартира или что-то еще в этом роде. И Сергей Иванович спросил о брате. Тот тут же поднял трубку телефона, сказал пару коротких фраз. Через несколько минут телефон зазвонил, Сталин молча выслушал донесение и, шмякнув трубку на рычаг, с еле сдерживаемым негодованием произнес:
— А, черт побери, погубили такого ученого!
Зачем Сталину понадобился такой шаг? Возможно, он решил использовать фамилию Вавиловых в очередной политической игре.
Уже к моменту окончания войны европейские и американские ученые, хорошо знавшие труды Н. И. Вавилова и высоко ценившие их, начали бить тревогу по поводу его бесследного исчезновения. Так, известный американский генетик, профессор Гарвардского университета Сакс в декабре 1945 года со страниц ведущего научного журнала Америки «Saience» спрашивал: «Где Вавилов — один из величайших генетиков мира? Вавилов был избран президентом Международного конгресса в Эдинбурге в 1939 году. Но Вавилов там не появился, и с тех пор мы ничего о нем не слышали… Мы имеем сообщение нашей Национальной академии наук о том, что Николай Вавилов умер. Но как он умер и почему?»
Это обращение вызвало активный отклик научной общественности во многих странах. Хлынул поток статей, вопросов, догадок, писем в редакцию. В одном все были почти единодушны: виновниками исчезновения Вавилова считали Лысенко и его сторонников. Особенно окрепли эти подозрения после сессии ВАСХНИЛ в 1948 году, удивила ученый мир и вышедшая в 1946 году книга Лысенко «Наследственность и изменчивость». Дмитрий Николаевич Прянишников сразу написал в президиум Академии наук своего рода предупреждение: «Так как публикация такой книги, как «Наследственность и изменчивость», подорвала бы репутацию советской науки, то следует принять меры, чтобы книга эта за границу не попала…» В этом же письме Прянишников указывал, что книга «полна погрешностей против элементарных понятий естествознания…».
В 1948 году несколько иностранных членов Академии наук СССР демонстративно покинули ее. В письме президенту Сергею Ивановичу Вавилову бывший президент Лондонского королевского общества, лауреат Нобелевской премии, биолог Генри Г. Дейл так объяснил свое решение:
«Я пришел к решению, вынудившему меня отказаться от звания почетного члена Академии наук СССР, каковым я был избран в мае 1942 года… В том же, 1942 году Лондонское королевское общество избрало Николая Ивановича Вавилова в число своих 50 иностранных членов. Он имел возможность… положить начало и способствовать дальнейшему быстрому прогрессу генетики, который последовал за признанием открытий Менделя… Однако в Британии стало известно уже в 1942 году, что Н. И. Вавилов каким-то образом впал в немилость тех, кто пришел после Ленина, хотя причина этого оставалась неизвестной…
Недавние события, о которых теперь получены сведения, осветили то, что случилось. Покойный Н. И. Вавилов был заменен Т. Д. Лысенко, проповедником доктрины эволюции, которая, по сути дела, отрицает все успехи, достигнутые… со времен Ламарка. Хотя труды Дарвина все еще формально признаются в Советском Союзе, его основное открытие будет отныне отвергаться. Все великое построение точного знания, которое продолжает расти усилиями последователей Менделя, Бэтсона и Моргана, отрицается и поносится, и последние немногие, кто еще содействовал его сохранению в СССР, теперь лишены своего положения и возможности трудиться.
Это — не результат честного и открытого конфликта научных мнений. Из выступлений и заявлений самого Лысенко ясно, что его догмат установлен и насильственно введен… С тех пор, как Галилей угрозами был принужден к своему историческому отречению, было много попыток подавить или исказить научную истину в интересах той или иной чуждой науке веры, но ни одна из этих попыток не имела длительного успеха. Последним потерпел в этом неудачу Гитлер.
Считая, что Вы и Ваши коллеги действуете под аналогичным принуждением, я могу лишь выразить Вам свое сочувствие…»