Студенческая молодежь от слов переходила к делу. Организовывались украинские народнические кружки: кто-то работал в воскресных школах, кто-то на ниве литературных начинаний, в составлении украинских книг для украинских крестьян, кто-то тщательно собирал этнографический материал (песни, народные предания и легенды, слова для украинского словаря). Николай целиком погрузился в этот поток юной народническо-украинской деятельности. «Лысенко совершенно переменился и стал доказывать, что нам всем не только с народом, но и между собой надо говорить по-украински, чтобы сделать этот язык культурным и своим…», – писал впоследствии Михаил Старицкий.
Именно во время учебы в Киевском университете Лысенко начал серьезно заниматься собиранием украинских песен. «В те времена среди киевского студенчества был обычай: собиралась группа студентов и шла на Байковую гору, где теперь «старое кладбище», а та часть, где теперь церковь, была свободной; там певцы останавливались и пели народные песни; собирались также и в Кадетской роще. Пели и просто в Ботаническом саду. Но все эти певцы не были сплочены в один обученный хор. Собственно, Н. Лысенко первый сплотил их в украинский хор…»
Услышав, как некоторые студенты в университетской церкви поют обычные религиозные «канты» церковно-славянского склада, Николай Лысенко загорелся желанием организовать из них украинский хоровой коллектив. Произошло это в 1860-м. «…Когда украинский кружок певцов-студентов разучил свой сборник песен, Н. Лысенко пошел с просьбой к университетскому начальству, чтобы оно разрешило дать концерт народных песен в пользу малоимущих студентов. Начальство разрешение дало, только с тем условием, что на это будет получено согласие самого попечителя округа, и никаких объявлений не должно быть; но они и не были нужны, потому что студенты так хорошо распространили весть о концерте, что была полна даже самая большая аудитория! Концерт украинским слушателям очень понравился, даже полякам…» – писала впоследствии Олена Пчилка.
Активно включившись в деятельность киевской «Старой громады» (нелегального общества киевской интеллигенции и студенчества), Николай начинает собирать и обрабатывать народные песни, работает над «Словарем украинского языка» и переводами общедоступных учебников, исполняет народные песни в своих обработках вместе со студенческим хором Киевского университета, участвует в студенческих спектаклях, создав, в частности, в 1864 году музыкальное сопровождение к водевилю В. Гоголя (отца писателя) «Простак»; в 1863 году делает первую попытку написать вместе со М. Старицким оперу – народную музыкальную драму «Гаркуша» по повести Алексея Стороженко; участвует в акции памяти Т. Шевченко (отмечая шевченковскую дату концертом и новым произведением).