Первоначально Феликс не хотел сам «пачкать руки убийством»; он собирался подыскать подходящего человека, который согласился бы сделать это за деньги. По мнению аристократа, такого рода людей можно было найти, конечно же, в революционной среде. За посредничеством Юсупов обратился к видному кадету и известному адвокату В. А. Маклакову. Последний нашел такую просьбу бестактной, но тем не менее счел необходимым политически просветить Юсупова. «Вы воображаете, что Распутина будут убивать революционеры, — удивленно спросил он у собеседника и продолжал, — да разве они не понимают, что Распутин — их лучший союзник? Никто не причинил монархии столько вреда, сколько Распутин; они ни за что не станут его убивать».
Феликс был обескуражен. После некоторых колебаний он решил сам убрать «этого негодяя». План обсудили с великим князем Дмитрием, В. А. Маклаковым и членом Государственной Думы от Бессарабской губернии В. М. Пуришкевичем. Последний 19 ноября 1916 года произнес в Думе речь, в которой заявил: «В былые годы, в былые столетия Гришка Отрепьев колебал основы русской державы. Гришка Отрепьев воскрес в Гришке Распутине, но этот Гришка, живущий при других условиях, опаснее Гришки Отрепьева».
Выступление произвело сильное впечатление на князя, познакомившего со своим планом Пуришкевича, который сразу поддержал намерение Феликса Юсупова.
Датой проведения «акции» выбрали ночь с 16 на 17 декабря. Юсупов должен был привести Распутина в беломраморное «родовое гнездо» на набережную Мойки якобы для того, чтобы познакомить со своей женой (Ирины Юсуповой в то время не было в Петрограде). Здесь ненавистного мужика намеревались отравить. Первоначальный сценарий пришлось по ходу дела корректировать. Вся эта «последняя ночь временщика последнего царя» многократно описана главным планировщиком Ф. Ф. Юсуповым. В изложении все выглядело, как в страшном романе времен Борджиа: подвал аристократического палаццо, изысканные интерьеры, свечи, вино, яд в пирожных, оживший покойник, выстрелы, кровь…
Труп ненавистного Распутина отвезли на автомобиле великого князя далеко от юсуповского дворца и бросили под лед. Участники условились категорически отрицать все возможные обвинения. Однако их ухищрения были напрасны. Уже 17 декабря царица писала мужу: «Мы сидим все вместе — ты можешь представить наши чувства — наш Друг исчез. Вчера А. (Вырубова. —
Поклонники старца считали его провидцем: они были уверены, что он видит всех насквозь. Убийство сильно поколебало веру в провидческие способности Распутина, и искренне оплакивали его лишь несколько человек, включая Александру Федоровну и Вырубову. После получения подтверждения о смерти Распутина, царь, понимая, в каком тяжелом состоянии находится императрица, прервал военные совещания и выехал в Царское Село. С дороги, 18 декабря, послал Аликс телеграмму: «Только сейчас прочел твое письмо. Возмущен и потрясен. В молитвах и мыслях вместе с вами. Приеду завтра в 5 часов. Сильный мороз. Заседание закончилось в 4 ч. Благословляю и целую. Ники».
Его встретила вся семья. Вскоре был приглашен А. Д. Протопопов, который доложил о результатах расследования, и указал на несомненную причастность к этому делу Феликса и Дмитрия, помещенных до поры под домашний арест. Императрица была потрясена. Но на людях она вела себя очень сдержанно, что отмечалось всеми. Посетивший ее с докладом А. Д. Протопопов вспоминал: «Она была печальна, но спокойна, выражала надежду, что молитвы мученически погибшего Григория Ефимовича спасут их семью от опасности переживаемого тяжелого времени».
По настоянию императрицы приняли решение хоронить Распутина в Царском Селе, хотя некоторые считали, что это недопустимо, что не следует провоцировать общественный скандал и лучше отправить гроб на его родину, в село Покровское. После извлечения из воды тело Григория тайно переправили в Чесменскую богадельню, находившуюся за Петроградом, по царскосельской дороге.
Погребение решено было осуществить в пустынном месте Царского Села, на территории строящегося Вырубовой Серафимовского лазарета, под алтарем будущего храма. Тайная церемония состоялась 21 декабря. В дневнике Николая II записано: «В 9 час. поехали всею семьею мимо здания фотографии и направо к полю, где присутствовали при грустной картине: гроб с телом незабвенного Григория, убитого в ночь на 17-е дек. извергами в доме Ф. Юсупова, стоял уже опущенный в могилу. Отец Ал. Васильев отслужил литию, после чего мы вернулись домой…»