Главную стратегическую цель премьер видел в принципиальной реорганизации землепользования и землевладения крестьянства, понимая всю пагубность существования общины. Еще будучи Саратовским губернатором, во всеподданнейшем отчете за 1904 год писал: «У русского крестьянина — страсть всех уравнять, все привести к одному уровню, а так как массу нельзя поднять до уровня самого способного, самого деятельного и умного, то лучшие элементы должны быть принижены к пониманию, к устремлению худшего, инертного большинства. Это видится и в трудности привить к общинному хозяйству сельскохозяйственные улучшения и в трудности часто наладить приобретение всем обществом земли при помощи Крестьянского банка, так что часто расстраиваются выгодные для крестьян сделки».
Неблагоустройство значительной части крестьянства давно уже заботило и Николая II. Когда возник кабинет С. Ю. Витте, осенью 1905 года император поставил перед ним главную задачу: приступить к улучшению положения крестьян. На заседании Совета министров 3 ноября 1905 года глава правительства предложил в этих видах избавить крестьян от выкупных платежей. Царь тут же заявил, «что находит меру совершенно недостаточною» и решительно высказался за переход от слов и обещаний к крупным мерам «по улучшению положения крестьян, не теряя времени, так, чтобы крестьянство убедилось, что о нем правительство фактически заботится», и призвал для достижения этой цели «не стесняться жертвами и не останавливаться перед самыми сильными мерами». Кабинету С. Ю. Витте не удалось принять никаких «сильных мер», хотя предварительная работа в этой области велась. Когда же собралась Первая Государственная Дума, сразу выяснилось, что резерва времени у власти уже больше нет. Ношу трудоемкого реформирования крестьянского землеустройства принял на себя кабинет П. А. Столыпина и особенно его глава.
Надлежало решить две тесно взаимосвязанные организационно-правовые и экономические проблемы. Во-первых, снять все необоснованные и архаичные юридические ограничения прав крестьянства и, во-вторых, создать условия для развития частного мелкого аграрного хозяйства. Сохранение власти общины вело к упадку крестьянского сельскохозяйственного производства, способствовало нищете самой многочисленной группы населения.
Столыпинская реформа в большинстве случаев реализовывалась царскими указами, что гарантировало оперативность ее проведения. Она базировалась на принципе неприкосновенности частной собственности на землю, последняя не могла ни в какой форме насильственно отчуждаться. 12 августа 1906 года последовал указ о передаче Крестьянскому банку сельскохозяйственных удельных земель (собственность императорской фамилии); 27 августа — о порядке продажи казенных земель; 19 сентября — о порядке продажи крестьянам казенных земель на Алтае (собственность императора); 19 октября — о разрешении Крестьянскому банку выдавать крестьянам ссуды под залог надельной земли, чем признавалась крестьянская личная собственность на землю. Этими решениями был создан национальный земельный фонд, позволявший развернуть широкую программу переселения земледельцев из зон аграрного перенаселения (главным образом губерний центральной части Европейской России) на Восток.
Вслед за этим последовало несколько законодательных актов, изменявших юридический и правовой статус крестьянства: 5 октября 1906 года — указ об отмене всех сохранявшихся ограничений для крестьянского сословия; оно было уравнено в правах со всеми гражданами в отношении государственной и военной службы, обучения в учебных заведениях. Наконец, 9 ноября 1906 года последовала самая важная в этом ряду мера — появился царский указ о раскрепощении общины. Каждый крестьянин получал право свободного выхода из общины вместе со своим, закрепленным в личную собственность наделом, который принадлежал ему до того на правах временного владения. Крестьянин и раньше имел право выделиться из общины, но лишь с согласия «мира» и после выплаты выкупных платежей. Теперь положение изменилось.
Указ 9 ноября свидетельствовал о том, что власть отказалась от старой своей политики сохранения общины и перешла к поддержке мелкого частного собственника. Это была довольно жесткая социальная политика, начисто лишенная тех благотворительно-патерналистских начал, на которых длительное время строились отношения государства с крестьянством. Подобная мера неизбежно вела к резкому усилению дифференциации сельского населения, к разорению части его. Однако это было необходимо в новых условиях хозяйственной деятельности, когда полноценным субъектом рыночной экономики мог стать лишь крепкий, выдержавший испытание жестокой конкурентной борьбой хозяин.