Текущую оперативную военную работу в Ставке осуществлял генерал М. В. Алексеев, которого царь заслуженно считал крупным военным специалистом. Выпускник Николаевской академии Генерального штаба, Михаил Васильевич сначала преподавал в этой академии, затем был начальником штаба Киевского военного округа, начальником штаба армий Юго-Западного фронта, а в августе 1915 года получил назначение на второй по важности пост в армии — начальника штаба Верховного главнокомандующего.
Воспользовавшись затишьем на фронтах, царь 22 сентября поехал «погостить» в Царское, где был с радостью встречен всеми членами семьи. Пробыв здесь несколько дней, уже 1 октября выехал обратно. Теперь его сопровождал наследник, который впервые выехал с отцом в Ставку (при Николае Николаевиче ни он, ни Александра Федоровна здесь не бывали). По пути следования устраивались смотры войск, которые Алексей принимал вместе с отцом. Несмотря на то, что ему было всего одиннадцать лет, цесаревич очень серьезно относился к своей миссии, а к военному делу вообще проявлял, как и отец, неподдельный интерес. Наследник никогда не жаловался на усталость.
Родители считали, что Алексея надо чаще показывать народу и войскам, которые должны были знать и любить своего будущего повелителя. Императрица вообще была уверена (в этом ее поддерживал Распутин), что зрелище ангелоподобного ее сына только усиливало симпатию людей к своим правителям, крепило основы монархии и развеивало зловредные слухи о физической неполноценности, природной ущербности цесаревича.
Николай II блаженствовал, проводя время в обществе сына. Они вместе гуляли, читали книги, разговаривали, писали письма в Царское. В Могилеве Алексей разместился в одной комнате с отцом; спал на такой же простой железной кровати и иногда даже присутствовал на докладах и официальных встречах.
«Его присутствие дает свет и жизнь всем нам — включая и иностранцев, — заявлял Николай в письме Александре 6 октября 1915 года. — Ужасно уютно спать друг возле друга; я молюсь с ним каждый вечер, с той поры, как мы находимся в поезде; он слишком быстро читает молитвы, и его трудно остановить; ему страшно понравился смотр, он следовал за мною и стоял все время, пока войска проходили маршем, что было великолепно… Только в первый день Алексей завтракал с Жильяром в моей комнате, но потом он стал сильно упрашивать позволить ему завтракать со всеми. Он сидит по левую руку от меня и ведет себя хорошо, но иногда становится чрезмерно весел и шумен, особенно, когда я беседую с другими в гостиной. Во всяком случае это им приятно и заставляет их улыбаться. Перед вечером мы выезжаем в моторе (по утрам он играет в саду) либо в лес, либо на берег реки, где мы разводим костер, а я прогуливаюсь около. Я поражаюсь, как много он может и желает ходить, а дома не жалуется на усталость. Спит он спокойно, я тоже, несмотря на яркий свет его лампадки».
Императрица тяжело переживала свою разлуку сразу и с «Солнечным Светом» (Николаем) и с «Солнечным Лучом» (Алексеем). Уже на следующий день после их отбытия она в письме восклицала: «Ах, как мне обоих недостает! В час, когда он обыкновенно молится, я не выдержала, расплакалась, а затем убежала в свою комнату и там прочла все его молитвы на случай, если бы он забыл их прочитать. Прошу тебя, каждый день спрашивай его, не забывает ли он молиться?.. Мне кажется, что прошел целый век со дня вашего отъезда, такая тоска по вас, и так мне вас недостает, мои ангелы, что не могу этого выразить словами!» Императрица в Царском Селе занималась делами, которые считала важными и нужными Ники, России и, конечно же, ей с сыном. Приемы, встречи, бумаги (царь стал пересылать для просмотра и заключения часть предназначенной ему документации). Не порывала она и с лазаретами. В силу большой загруженности ассистировать при операциях теперь приходилось редко, но посещение раненых в госпиталях не прекратила.
Первый раз императрица с дочерьми приехала в Ставку 15 октября 1915 года. Очевидец этого события, «дама из могилевского общества» позднее вспоминала: «Царица в сопровождении дочерей вышла из поезда и медленно, еле передвигая ноги, пошла по направлению депутаций… Она подошла к дамам и каждой протянула свою необыкновенно выхоленную и красивую руку. Дамы делали реверанс и целовали руку царицы. Четыре дочери стояли отдельно и всех поразили их костюмы. Они все, как одна, были одеты в светлые шляпы, коричневые короткие кофточки и юбки цвета бордо. Смесь этих цветов была так безвкусна, что вряд ли самая скромная провинциальная барышня могла бы так одеться. Сказалось ли в этом отсутствие вкуса у Государыни или же нарочно во время войны подчеркивалась скромность царской семьи, неизвестно, но костюмы царских дочерей осуждались всеми».