Намеки прессы на всесилие «старца» стали для Николая II неприятным сюрпризом. По воспоминаниям графа В. Н. Коковцова, «интерес» печати к Распутину очень раздражал императора, который потребовал даже от министра внутренних дел, совместно с председателем Совета министров и с обер-прокурором Святейшего синода, решить, что следует предпринять для обуздания печати, а также в личной беседе заявил Коковцову, что необходимо «пресечь эту гадость в корне», намекая, как потом уяснил премьер, на слухи о хлыстовстве Распутина. Повод для возмущения у императора действительно был. Так, например, 14 января 1912 года в газете «Новое время» появилась статья известного публициста М. О. Меньшикова, озаглавленная «Распутица в Церкви». В резкой форме Меньшиков писал об увольнении от присутствия в Святейшем синоде саратовского епископа Гермогена (Долганева).
Некоторое время считавший Распутина высоконравственным человеком и настоящим молитвенником, Гермоген в конце концов узнал о его далеко не святой жизни и потребовал удалиться из царского дворца. 16 декабря 1911 года епископ, действовавший в союзе с бывшим другом «старца» — иеромонахом Илиодором (Труфановым), под благовидным предлогом пригласил Распутина к себе на подворье и там в присутствии еще шести человек стал «обличать» его и несколько раз ударил крестом. Подавленный, Распутин дал требуемые от него клятвы, но, отпущенный на свободу, тут же рассказал императрице о совершенном над ним насилии. Расплата не заставила себя долго ждать: уже 3 января 1912 года епископ Гермоген, уволенный от присутствия в Святейшем синоде, получил распоряжение отбыть в свою епархию. 7 января повеление довели до сведения саратовского архиерея, однако тот не спешил покидать столицу.
В своей статье М. О. Меньшиков сообщал о причинах увольнения владыки от присутствия в Синоде: неуступчивость в вопросах веры и Григорий Распутин, против посвящения которого в сан священника якобы категорически выступал епископ. «Почти безграмотный (у меня есть записка с его подписью), — писал Меньшиков, — хлыстовский начетчик оказался в XX веке, в те дни, когда принимают в Петербурге лордов и джентльменов, ученых и писателей, — большой силой. <…> По-видимому, голос святителя Гермогена против великосветской хлыстовщины раздался как раз вовремя». Распутин, как видим, называется хлыстом, что делает борьбу против него в первую очередь борьбой религиозной, церковным долгом. Следовательно, преодоление «распутицы в Церкви» — и есть выполнение этого долга.
Статья не остановила падения Гермогена. Отказ епископа подчиниться императорской воле привел лишь к тому, что 17 января он был уволен и от управления епархией. За неповиновение его наказали ссылкой в Жировицкий монастырь, император отказался отвечать на телеграммы владыки и не принял его. Обер-прокурор Святейшего синода В. К. Саблер получил от Николая II телеграмму владыки, на которой «высочайшей рукой» было написано, что архиерей должен немедленно удалиться из столицы. Пресса своими нападками на Распутина все больше и больше вызывала недовольство самодержца, но остановить поток разоблачений было невозможно. В свою очередь, разоблачения только способствовали росту всевозможных слухов, в которых истина переплеталась с вымыслом. Вновь пошли разговоры о «сектантстве» Распутина, заставившие Николая II лично распорядиться об ознакомлении председателя Государственной думы с делом о принадлежности «старца» к хлыстам.