Заключение мира происходило под раскаты революционного грома: выступления рабочих, охватившие многие города — от Петербурга до Ростова-на-Дону и от Полтавы до Ревеля, дополнялись крестьянскими волнениями, межнациональными конфликтами (в частности, армяно-татарской резней в Баку) и восстаниями в войсках, кульминацией которых стал бунт на броненосце «Князь Потемкин-Таврический». Под красным флагом летом 1905 года военный корабль пошел навстречу посланной против него черноморской эскадре. Но матросы судов эскадры отказались стрелять в восставший корабль. Летние революционные выступления подготовили почву для всероссийской политической стачки, потрясшей страну осенью 1905 года. Бастовали и учебные заведения, даже православные духовные академии. Встал железнодорожный транспорт. В сложившихся условиях вопрос о дальнейших политических уступках был неизбежен. Борьба с революцией не могла ограничиться одними репрессиями, да и сил сокрушить революционный напор у власти не было. 12 октября император записал в дневнике: «Забастовки на железных дорогах, начавшиеся вокруг Москвы, дошли до Петербурга, и сегодня забастовала Балтийская. Манухин (министр юстиции.
Времена действительно были «милые». Ситуация складывалась таким образом, что необходимо было решаться на серьезные уступки. Ознакомившись с проектом манифеста, подготовленного под руководством графа С. Ю. Витте, император 16 октября с горечью написал: «Да, России даруется конституция. Немного нас было, которые боролись против нее. Но поддержки в этой борьбе ниоткуда не пришло, всякий день от нас отворачивалось все большее количество людей, и в конце концов случилось неизбежное. Тем не менее по совести я предпочитаю давать все сразу, нежели быть вынужденным в ближайшем будущем уступать по мелочам и все-таки прийти к тому же». Свою роль в подписании царем манифеста «о свободах» сыграл и великий князь Николай Николаевич, по легенде, грозивший царю самоубийством, если только будет принято решение о диктатуре и, соответственно, отвергнут план Витте. На позицию Николая Николаевича повлиял некий рабочий М. А. Ушаков, направленный к нему придворным авантюристом князем M. M. Андрониковым и внушавший великому князю, что без Витте не обойтись.
В итоге 17 октября 1905 года царь подписал манифест «Об усовершенствовании государственного порядка», состоявший из трех основных статей. Населению даровались незыблемые основы гражданской свободы на началах неприкосновенности личности, свободы совести, слова, собраний и союзов; к участию в работе Государственной думы привлекались те классы населения, которые ранее были лишены избирательных прав; как незыблемое правило устанавливалось, что никакой закон не мог получить силу без одобрения Государственной думы. 19 октября указом царя был образован Совет министров во главе с председателем, которым стал С. Ю. Витте. Формально Совет министров существовал в России с 1861 года, но это был лишь один из высших совещательных органов под руководством царя. Компетенция его точно не определялась, а заседания проводились крайне редко. Так, с конца 1882 года по январь 1905-го этот Совет министров не собирался ни разу. В свою очередь, существовавший в империи (с 1802 года) Комитет министров не имел никакой исполнительной власти, а приведение его постановлений «в действие» он предоставлял тем министрам, от которых поступали дела или к чьему ведомству они относились.
После 19 октября 1905 года на Совет министров стало возлагаться направление и объединение действий главных начальников ведомств по предметам их законодательства, а также высшего государственного управления. Совет министров не мог решать дела, подлежавшие рассмотрению Думы и Государственного совета; а дела, «относящиеся до ведомства Императорского Двора и Уделов, государственной обороны и внешней политики», вносились на рассмотрение только после высочайшего повеления или когда их руководители признавали это необходимым. В результате проведенных реформ Российская империя вступала в новую фазу своего развития, становясь думской монархией, а император «конституционным самодержцем».