Он родился в 1841 году в семье фридрихсгамского «первостатейного» купца, закончил физико-математический факультет Московского университета. Был учителем в гимназии, воспитателем в семьях, чиновником в Комитете железных дорог Министерства путей сообщения и во Временном статистическом отделе МПС. В 1880-е годы занялся самостоятельными статистическими исследованиями волжской хлебной торговли. Писал статьи и записки, обращаясь с просьбами к влиятельным лицам — графу И. И. Воронцову-Дашкову, В. К. Плеве, А. С. Суворину и др. Так, еще до воцарения Николая II о нем узнали «сильные мира сего». Однако именно приход к власти последнего самодержца стал для Клопова событием, существенным образом изменившим всю его жизнь. В 1896 году великий князь Николай Михайлович, познакомившийся с чиновником через князя П. М. Волконского, представил его своему брату Александру Михайловичу — другу детства императора Николая II.
В 1898 году статистика представили царю. Государственный секретарь А. А. Половцов, знавший историю возвышения Клопова, отмечал, что Александр Михайлович рекомендовал его императору как «будто бы выдающегося по своему необыкновенному патриотизму, чистоте побуждений и отменному пониманию русской народной жизни» человека. «Император, — продолжал далее Половцов, — имел неосторожность не только принимать и выслушивать этого невежественного проходимца, но даже поручил ему, под предлогом составления подворных описаний в местностях, страдавших от голода, объехать Россию и представить государю настоящую картину народного бедственного положения, картину, скрываемую от государя его министрами».
Как видим, речь идет о старой проблеме — недостатке правдивой информации, будто бы утаиваемой от самодержца его чиновниками. Понимал ли свою задачу сам Клопов? Безусловно. Год спустя, вспоминая о данной ему царем (4 июня 1898 года) аудиенции, Клопов писал Николаю II, что при господстве в России чиновничьего режима правда до трона не доходит. Царю подобает знать все, что касается родины, а «для этого одних докладов министров и губернаторов, людей, стоящих слишком далеко от биения пульса народной жизни, конечно, недостаточно; здесь требуется, чтобы… доходили голоса и мысли и от людей, имеющих прямое общение с народом».
Банальная мысль о «простых людях», бескорыстно служащих своему государю, была близка и понятна Николаю II, стремившемуся найти верных советников вне придворно-чиновничьего круга. Откровенность и простодушие Клопова, очевидно, очаровали царя, якобы заявившего после первой встречи со статистиком: «Я первый раз чувствовал себя так хорошо с этим искренним человеком». Искреннему человеку можно доверять, тем более что он ведет себя совершенно не так, как придворные льстецы, — в пылу спора может прижать царя в угол, взять за пуговицу. Этикета Клопов не признавал, откровенно говоря с ним о народных нуждах (конечно же, — как он их понимал). Такой человек мог понравиться самодержцу, всегда желавшему видеть около себя бескорыстных и преданных людей. Но жизнь учит, что в простоте не всегда заключена правда, даже более того — «простота хуже воровства», как гласит русская пословица. И последний самодержец, судя по всему, оказался заворожен именно такой простотой.
Клопов принадлежал «к распространенному в России типу страстных, но неуравновешенных и неспособных к систематическому труду и логическому мышлению искателей и поборников правды, — писал Г. В. Иванов. — То, что, нарушая закон для восстановления справедливости к отдельному человеку, он нарушает самый государственный строй, — об этом Клопов думать не хочет, это ему неинтересно». Замечательно точные слова, которые можно применить и к императору Николаю II! Он тоже мог нарушить закон ради справедливости, разумеется — как он ее понимал; или ради великодушного порыва, что неоднократно случалось в делах семейных. И не отдавал себе отчета в том, что действует не как блюдущий закон самодержец, а как ничем не ограниченный «деспот».
Царь не хотел признать, что государственная машина не терпит вмешательства дилетантов и фантазеров, «которые, — по словам В. И. Гурко, — мечтают путем личного усмотрения исправить все те людские настроения, которые закон в его формальных проявлениях ни уловить, ни тем более упразднить не в состоянии». Стремление установить личный контроль за деятельностью чиновников неизбежно вылилось в скандал. 10 июня 1898 года А. А. Клопов получил бумагу (за подписью дворцового коменданта П. П. Гессе), где говорилось о высочайшем соизволении на посещение пострадавших от неурожая местностей, необходимых для исследования экономического положения населения. По сути, речь шла об изучении значительной части Европейской России. Деятельность царского информатора получила огласку, о Клопове заговорили в столичных гостиных, возмущаясь тем, что его командировка состоялась без согласования с министром внутренних дел, без предупреждения местных властей. Получалось, что облеченный царским доверием статистик выступал в роли негласного ревизора царских чиновников.