Ни царь, ни его супруга не знали тогда, что они рискуют и в любую минуту могут стать жертвами жаждавших их крови екатеринбургских большевиков. Зато Яковлев это хорошо понимал и не желал оказаться в положении «разменной монеты» и погибнуть вместе с Николаем II. Для него не было секретом, что уральские большевики готовили нападение на царя. В случае удачи в живых не осталось бы никого из сопровождавших Николая II, включая самого Яковлева. К тому же уже в пути Яковлев получил дополнительные сведения о готовившемся нападении екатеринбургских отрядов, весной 1918 года прибывших в Тобольск. Спасти жизнь Романовых тогда удалось за счет быстрой езды и бдительной охраны, доверенной уфимским красногвардейцам.
Но опасность нападения осталась и после прибытия в Тюмень: навстречу царскому поезду руководители Урала хотели выслать ряд дополнительных подразделений 1-го Уральского полка. Нападение на поезд под провокационным предлогом планировалось на пути к Екатеринбургу. Пытаясь изменить сценарий развития событий, Яковлев еще из села Иевлева направил большевистским лидерам Урала телеграмму, в которой выразил протест против действий их представителей, а в Тюмени вступил в переговоры со Свердловым и Лениным. Яковлев поставил вопрос о необходимости изменить маршрут, заявив, что «груз» (так в целях конспирации назывались перевозимые пленники) лучше доставить через Омск — Челябинск в Симский горный округ, и там ждать распоряжений. Свердлов просьбу удовлетворил.
Неудовлетворенными остались уральские большевики. Узнав на следующий день, 28 апреля, о выезде литерного поезда № 42 в Омск, они объявили Яковлева изменником революции, потребовали остановить поезд и принять самые решительные меры. Правда, в ходе начатых затем переговоров с Лениным и Свердловым уральцы выяснили, что Яковлев не своевольничает. Обвинение в измене делу революции уральцы с него сняли, но намеченный Яковлевым план отменили, добившись от центра разрешения вернуть поезд в Тюмень для дальнейшего следования в Екатеринбург. Они говорили Москве и о том, что обеспечат безопасность бывшего самодержца,
Тридцатого апреля в 8 часов 40 минут поезд прибыл в Екатеринбург — один из самых антимонархически настроенных центров Сибири и Урала. Для проживания царской семьи там срочно подготовили дом Ипатьева. Особняк обнесли высоким деревянным забором. Уральский историк И. Ф. Плотников полагает, что сама «срочность» подготовки дома Ипатьева к приему пленников говорит о многом. «Не значит ли это, — пишет ученый в книге «Правда истории: Гибель Царской Семьи», — что был расчет на то, что Семья по дороге обязательно „погибнет“, и подготовка к ее приему была вовсе ни к чему до предотвращения готовившегося акта убийства, широкой огласки этого по Уралу и Сибири и требования „гарантий“? Да, Мячин из-за очевидного недопонимания подлинной задачи (при реализации которой он мог оказаться и „козлом отпущения“) стремился доставить семью именно живой и спутал кое-кому карты». Возвращаться в Тобольск и перевозить цесаревича и великих княжон в Екатеринбург он не стал. В мае операцию провели силами ВЧК и уральцев.
Вместе с цесаревичем и великими княжнами в Екатеринбург приехали 27 человек из окружения и прислуги. Но в Дом особого назначения допустили не всех. Некоторых арестовали и впоследствии расстреляли, некоторым даровали свободу. «Я и сейчас не могу понять, чем руководствовались большевистские комиссары при выборе, который спас нашу жизнь, — вспоминал воспитатель цесаревича П. Жильяр, не допущенный в Дом особого назначения. — Зачем было, например, заключать в тюрьму графиню Гендрикову и в то же время оставлять на свободе баронессу Буксгевден, такую же фрейлину Государыни? Почему их, а не нас? Произошла ли путаница в именах и должностях? Неизвестно». Получилось так, как получилось. Придворные и слуги последнего самодержца оказались, как и он сам, заложниками гражданской войны.