Таганцев оказался для чекистов просто находкой, так как занимал должность секретаря Сапропедевского комитета, куда обращались многие ученые. Тут-то он и превратился в крупного «заговорщика», связанного с самим бароном Юденичем. Теперь можно было арестовать его и устроить засаду на его квартире. Всех, кто появлялся, — брали и объявляли участниками «заговора». Схватили даже курьера известного академика С. Ольденбурга, принесшего рукопись с рецензией на «Двенадцать» Блока. Рукопись была признана контрреволюционной, курьер — заговорщиком, и его расстреляли. Кроме того, у убитого Ю. Германа (знакомого Таганцева) чекисты изъяли три листовки, в которых сообщалось о расстрелах рабочих и о том, что комиссары убивают крестьян.
Отец В. Н. Таганцева — знаменитый юрист и бывший либеральный сенатор Н. С. Таганцев написал ходатайство о сыне Ленину. Тот дал телеграмму с указанием дело пересмотреть. И тут озлобленная вмешательством чекистская машина начала крутиться на полных оборотах. Теперь к арестованным «заговорщикам» можно было «приписать» еще несколько сотен «агнцев» на заклание. И незначительный заключенный В. Н. Таганцев с двумя убитыми офицерами превратились в руководителей «заговора». В число заговорщиков попал и неугодный новой власти поэт Николай Гумилёв.
Чекисты загребли в свои сети многих известных людей Петрограда: Раевского, Крузенштерна, Дурново, Голенищеву-Кутузову, князя С. А. Ухтомского, скульптора, сотрудника Русского музея (его обвинили в передаче за границу сведений о музейном деле). Пятидесятитрехлетнего профессора Н. Ф. Тихвинского с богатым революционным прошлым (был членом социал-демократической группы «Освобождение труда») арестовали за «дачу сведений в заграничную печать о состоянии нефтяного дела в Петрограде», где никакой нефти никогда не было. Медицинского работника Рафаилову, как и 60-летнюю Антипову, забрали за предоставление квартиры заговорщикам. Бывшего престарелого министра юстиции, сенатора и члена Государственного совета С. С. Манухина объявили заговорщиком, видимо, за прошлую службу при законной власти. В числе заговорщиков оказался известный ученый профессор Лазаревский и 67-летний выдающийся художник-архитектор, заслуженный педагог Л. Н. Бенуа, брат известного русского художника Александра Бенуа. Десятками арестовывались бывшие офицеры, профессора, юристы, солдаты, матросы и крестьяне. Видимо, для придания фабрикуемому делу устрашающего размаха.
Для того чтобы организовать громкий процесс и дело (всего фальсификаторы из ЧК собрали 382 тома и привлекли к уголовной ответственности 833 человека), нужно было добиться признаний от того, кого они назначили в вожди мятежа.
Владимир Николаевич Таганцев сорок пять дней молчал, огорошенный чудовищной ложью. Он верил в порядочность людей, занимавших государственные посты, и не учел иезуитских приемов ЧК. Я. С. Аманов обещал В. Н. Таганцеву, что если только он искренне расскажет обо всем, что ему известно о настроениях интеллигенции, то дело будет быстро и справедливо закончено. Тут же следователь подсунул Таганцеву бумажку: «Я, уполномоченный ВЧК Яков Саулович Агранов, при помощи гражданина Таганцева обязуюсь быстро закончить следственное дело и после окончания передать в гласный суд… Обязуюсь, что ни к кому из обвиняемых не будет применена высшая мера наказания».
Бедного Владимира Николаевича Я. С. Агранов заставил подписать соглашение: «Я, Таганцев, сознательно начинаю делать показания о нашей организации, не утаивая ничего… не утаю ни одного лица, причастного к нашей группе. Все это я делаю для облегчения участи участников нашего процесса». Это был договор кролика и удава. Далее Владимир Николаевич Таганцев начал подписывать все бумажки, которые ему подсовывали следователи.