В июне 1924 г. Николаевский вместе с П.А. Берлиным, действуя по поручению владельцев авторских прав - Аксельрода и Р.Г. Плехановой, заключили с Ангарским договор на издание двухтомной переписки Плеханова и Аксельрода за 1885-1909 гг. В кратчайший срок была проведена работа по подготовке сборника и осуществлено на высоком научном уровне его издание. Многие источники, найденные Николаевским в архивах, публиковались в зарубежных и отечественных изданиях, таких, как "Каторга и ссылка", "Летописи марксизма", а также "Архив К. Маркса и Ф. Энгельса", "Ленинские сборники" и др. В них впервые увидели свет письма В. Засулич, А. Герцена, П. Кропоткина, П. Лаврова, Ж. Санд, стихотворение И. Тургенева и др. При издании в СССР сборников документов Николаевский отстаивал свое видение их состава и содержания, право быть научным редактором.
В ответ на усиление в СССР в конце 20-х годов политического контроля за научной сферой он требовал от издателей не подвергать подготавливаемые им сборники политической и идеологической цензуре. Он отверг предложение издательства "Международная книга" проверить качество подготовки к печати публикуемых докумен-тов путем их сверки с оригиналами. Усиление идеологических элементов в предисловиях, предупреждал ученый, Приведет также к отказу политических деятелей Европы предоставлять свои документы для издания в СССР.
В частности, указывал Николаевский, Адлер заявил, что он предоставит документы по истории II Интернационала лишь в том случае, если они не будут сопровождаться при их публикации комментариями, направленными против каких-либо партий или отдельных лиц, входивших во II Интернационал. Это предупреждение оказалось своевременным, так как Сталин объявил, что "нынешний социал-демократизм есть идейная опора капитализма", а "гг. Адлеры и Бауэры, Вельсы и Леви, Лонгэ и Блюмы" являются социал-предателями.
Позиция Москвы привела к свертыванию контактов с зарубежными владельцами архивов. Возникли трудности в копировании и публикации документов Маркса и Энгельса, которые обусловили сокращение масштабов копирования, а в 1930 г. Правление СДПГ расторгло договор на использование партийного архива ввиду того, что публикации работ Маркса и Энгельса в СССР сопровождались "антисоциал-демократическими предисловиями и комментариями".
Николаевскому было запрещено работать в немецком партийном архиве как представителю ИМЭ. Завершился короткий, но весьма интенсивный и результативный этап сотрудничества русского историка-архивиста с ИМЭ, Институтом Ленина.
В СССР на рубеже 20-30-х годов формируется тоталитарная система. Независимый прежде ИМЭ взят под партийный контроль, а в апреле 1931 г. ликвидирован. Не у дел оказался и Б.И. Николаевский, которого перестают печатать в СССР, а в феврале 1932 г. лишают советского гражданства.
Тем не менее его многочисленные публикации в советских изданиях не утратили научного значения и сегодня. "Мне, конечно,- писал Николаевский, приходилось считаться с цензурными условиями, но я всегда писал только то, что считал правильным, и никогда не написал ни одной фразы, которая содержала бы элементы прославления диктатуры"
В 1933 г. с приходом Гитлера к власти почти все русские эмигранты покинули Берлин. Николаевский остался. Остался, чтобы спасти Русский архив. На заседаниях ЗД РСДРП неоднократно обсуждался план спасения архива и библиотеки при нем. Первоначально было принято предложение Николаевского передать все материалы в Прусский государственный архив, директор которого, однако, не желая неприятностей, отказался принять документы. Николаевский до окончательного решения о судьбе архива с риском для жизни стал выносить наиболее ценные материалы и переправлять их в Париж.
Большую помощь в этом ему оказали соратники по партии Т.И. Вулих, И.Г. Церетели и его жена А.М. Бургина, принимавшие на хранение посылки, поступавшие в Париж через Прагу, куда их переправлял дипломатической почтой советник Чехословацкого посольства Гофман. Николаевский обратился к правлению СДПГ с предложением вывезти Русский архив и архив партии за границу. В результате переговоров с О. Вельсом и П. Гертцем Николаевскому вначале запретили выносить из здания какие-либо материалы партийного архива, но затем Вельс лично дал указание не препятство-вать его работе.