Родился в поселке Кольберовский рудник Успенского р-на Ворошиловградской области. Трудовую деятельность начал в 1921 году чернорабочим на рудниках по месту рождения.
С 1929 по 1932 год — красноармеец, политрук, помощник начальника заставы Ямпольского погранотряда войск ОГПУ УССР; с 1932 по 1934 год — помощник Уполномоченного Особого отдела Одесского облотдела ОГПУ; 1934–1935 годах — заместитель начальника политотдела Песчано-Брянской МТС Новоукраинского района Одесской области; 1935–1936 годах — начальник Фрунзенского райотделения НКВД Одесской области; 1936–1939 годах — слушатель старшего курса Центральной школы НКВД СССР в Москве; 1937–1939 годах — оперуполномоченный, старший оперуполномоченный 4-го отдела ГУГБ НКВД СССР; 1939–1941 годах — начальник Управления НКВД по Московской области.
С февраля по август 1941 года — начальник 3-го спецотдела НКВД СССР и с 24 августа 1941 года до 15 июня 1946 года — начальник Управления НКВДНКГБ-МГБ по Ленинградской области. После этого был переведен в Москву на должность начальника Первого Главного Управления МГБ СССР.
Осенью 1946 г. П. Н. Кубаткин откомандировывается в г. Горький на должность начальника Управления МГБ по Горьковской области. С марта по июль 1949 года — зам. председателя Саратовского облисполкома.
Арестован 23 июля 1949 года.
27 октября 1950 года Военной Коллегией Верховного Суда СССР осужден по ст. 58-1 и 58-7-11 УК РСФСР (по так называемому «Ленинградскому делу») и приговорен к высшей мере наказания. Приговор приведен в исполнение в тот же день.
Реабилитирован Определением Военной Коллегии Верховного Суда СССР от 26 мая 1954 года.
© Архив Государственного музея политической истории России