После оставления Александровска, в Никополе, Полонский сохранил обаяние «бывшего красного» командира, и к нему якобы даже перебегали «целые группы» махновцев, ибо было известно, что его полк, почти целиком состоявший из красноармейцев, будет единственной частью Повстанческой армии, которая безболезненно соприкоснется с красными. Вряд ли Махно всерьез подозревал Полонского: он, правда, поставил его командовать на заднем дворе (а в Никополь красные должны были попасть в последнюю очередь), но, думаю, о тайных собраниях, подобных тому, о котором рассказал Е. П. Орлов, Махно не подозревал. В конце ноября батька вызвал Полонского в штаб на совещание командного состава армии. Нужно было что-то решать: голодный фронт в мокрых окопах еле держался и сам по себе, а со дня на день можно было ожидать удара отступающих с севера белых частей и вслед за тем – роковой встречи с братьями по оружию… В то же время действия одного из командиров, Володина, успешно рейдирующего в сторону Крыма в практически пустых, никакими войсками не охраняемых областях Северной Таврии, у многих атаманов возродили партизанские вожделения: пока не поздно, плюнуть на проклятые города да и податься в Крым, чтобы водрузить над ним черное знамя! Но Махно на прекраснодушные мечтания размениваться не мог: он не мог бросить армию, он не мог бросить свою столицу, он день за днем созидал «анархистское государство», чтобы доказать большевикам, что они имеют дело с огромной народною силой, которую игнорировать невозможно. И все-таки опасные настроения надо было как-то обсудить: потому и созывалось совещание. Приехав в Екатеринослав, Полонский повел себя неосторожно и в некотором смысле вызывающе. Первым делом он явился на заседание подпольного большевистского губкома и прочитал доклад о коммунистической работе в армии. «Были отмечены большие успехи в смысле укомплектования командного состава большевиками…»
На заседании присутствовал незнакомый человек, на которого падают подозрения в том, что именно он доложил Махно о роли, которую сколь скрытно, столь и талантливо играл Полонский в Повстанческой армии. Уже известный нам большевик Гришута, присутствовавший на этом заседании, в своих воспоминаниях писал потом, что посторонний назвался представителем ЦК КП(б)У Захаровым и предъявил мандат, удостоверяющий, что партией ему доверено руководство всеми вооруженными отрядами в белом тылу. «Мы его ввели в курс наших дел, – пишет Гришута, – так как с этого дня задача наша сводилась, главным образом, к подготовке наибольшего количества махновских частей к переводу в ряды Красной Армии» (35, 86). Если «Захаров» действительно был из махновской контрразведки, становится понятным, почему в ночь после заседания Полонский был убит. Батьке не нужен был популярный командир, вынашивающий такого рода замыслы. Мы не знаем доподлинно, как произошло убийство. Согласно воспоминаниям Гришуты, Полонский был приглашен с женой на вечеринку, в конце которой он был убит, а она арестована. По неопровергнутой, но и недоказанной версии Гришуты, где-то в час ночи Каретников, Чубенко и Василевский вывели Полонского из дома, где шло гулянье, к Днепру. Первым выстрелил в спину Полонскому Каретников, затем Чубенко. Полонский упал. Затем, по версии Гришуты, приподнявшись на локте, крикнул: «Добейте, бандиты!» Его добили. Жена Полонского Татьяна была арестована как сообщница мужа.
По этому поводу Е. П. Орлов высказал только одно соображение: «Вряд ли ее просто так арестовали, не попользовались ею…»
Французский историк Александр Скирда предлагает нам совершенно иную, хотя тоже достаточно широко известную версию событий, согласно которой Полонскому было поручено отравить Махно. Он пишет, что не Махно Полонского, а Полонский с группой заговорщиков из числа подпольщиков-большевиков пригласил Махно на вечеринку, где предполагалось поднести ему отравленное зелье. «Махновская контрразведка, введенная в курс дела одним из своих агентов, внедренных в сеть заговорщиков, арестовала их и, после короткого судебного разбирательства, расстреляла его и его любовницу – актрису, которая должна была сыграть роль отравительницы, а также Вайнера, бывшего председателя ревтрибунала Красной армии, прославившегося своей жестокостью и одного из статистов этого спектакля…» (94, 205–206).
Несмотря на то, что начиная с 1920 года ЧК предпринимала неоднократные попытки «убрать» Махно, эта версия вызывает сомнения. Во-первых, потому, что она ровным счетом ничего не добавляет к тем расплывчатым словам об отравлении, которые Махно как-то произнес по поводу убийства Полонского. Расследования историка тут нет. А. Скирда даже не задается вопросом – с какой бы это стати Махно пошел к Полонскому выпивать в столь сомнительной компании?