Таким образом, согласно этому приказу Институт вначале был подчинен Главному артиллерийскому управлению.
«Секретно
Приказ Министра Вооруженных Сил Союза ССР № 015
“24” июня 1946 года г. Москва
Содержание: О передаче военного городка 17/3 Главному артиллерийскому управлению Вооруженных Сил.
Для организуемого по постановлению Совета Министров СССР от 13 мая 1946 года № 1017–419сс Научно-исследовательского института № 4 Главного артиллерийского управления Вооруженных Сил ПРИКАЗЫВАЮ:
Командующему Инженерными войсками Сухопутных войск Маршалу инженерных войск ВОРОБЬЕВУ полностью освободить и передать в месячный срок Главному артиллерийскому управлению Вооруженных Сил военный городок 17/3 (ст. Болшево) со всеми жилыми, учебными, хозяйственными постройками, подсобным хозяйством, со всем оборудованием и инвентарем по состоянию на 25.6.1946 г.
Заместитель Министра Вооруженных Сил Союза ССР генерал армии БУЛГАНИН».
В военном городке было два жилых дома на 64 квартиры для офицерского состава, не полностью освобожденных от прежних обитателей, три казармы, шесть бараков и один учебный корпус. Хозяйство, принятое квартирно-эксплуатационным отделом института, находилось в запущенном состоянии. Жилую площадь обслуживало домоуправление, образованное еще в 1938 году. Штат домоуправления состоял из девяти человек. Никаких транспортных средств не было. Котельные и водонасосные станции не работали, канализация и водопровод требовали капитального ремонта. Трудно даже представить, в каких сложных условиях начинали работу сотрудники института. Помещений для лабораторий не хватало. Лабораторного оборудования, приборов, станков не было.
Все необходимое Нестеренко выбивал за счет репараций и благодаря своему авторитету. Ветераны НИИ-4 вспоминают, что был случай, когда он перехватил эшелон с металлоконструкциями, шедший из Германии. Из них смонтировали здание экспериментального завода.
В 1947–1948 годах все здания, доставшиеся институту, были отремонтированы. В них разместились научные лаборатории, конструкторский отдел, экспериментальный завод и подразделения обслуживания. Позже на месте старых зданий и сооружений вырос город Юбилейный с населением 30 тысяч человек, в 2014 году вошедший в состав города Королева.
В 1947 году Нестеренко добился в Мособлсовете выделения семи гектаров земли, на которых построили 43 финских и 10 шлакоблочных домиков («финский городок»). Рядом с домами разбили садово-огородные участки, это помогало семьям офицеров решать продовольственную проблему в нелегкие послевоенные годы.
Институт формировался по штатам, утвержденным директивой Генерального штаба Вооруженных сил от 24 мая 1946 года и был создан в составе 20 научных и 20 вспомогательных отделов, а также 16 испытательных лабораторий. Одной из главных особенностей института являлось то, что позже его исследования охватывали весь жизненный цикл стратегических систем вооружения.
21 ноября 1946 года приказом министра ВС Союза ССР научно-исследовательский институт был передан в подчинение Академии артиллерийских наук.