Очень скоро Чичагов сделался доверенным лицом императора; современники оставили нам свидетельства, что он, крайне самолюбивый и не в меру горячий, бывал вежлив только с низшими, но даже императору никогда не боялся дерзко высказывать самые жестокие истины. Мало того, Чичагов доказывал царю, что пора отменить крепостное право, столь позорное для русского народа. Александр I был хитер; он покорно выслушивал Чичагова, украшая его орденами, произвел в вице-адмиралы, назначил в сенаторы, пожаловал ему имение на Виленщине:
— Вы меня растрогали прямотой своего характера. Но менять что-либо в порядках Руси нам еще рано…
Управляя морским министерством, Чичагов с его строптивым нравом оказался на своем месте. Не боясь наживать врагов и завистников, он преследовал злоупотребления и казнокрадство на флоте, улучшал кораблестроение и укреплял гавани, он запретил заковывать матросов в колодки, по берегам морей ставил сигнальные маяки, занимался морской медициной и гигиеной, налаживал производство навигационных инструментов. Ему исполнилось сорок лет, когда он стал полным адмиралом.
— Ветер дует в мои паруса, — говорил он жене… Елизавета родила ему трех дочерей, и вдруг паруса поникли, потеряв счастливый ветер. Жена стала болеть, врачи доказывали, что для ее спасения надо переменить климат. Чичагов взял длительный отпуск; два года они прожили во Франции, но Лиза просилась в Англию и там, на родине, умерла. Чичагова с трудом оторвали от мертвой жены, он не мог отвести взор от ее лица. Историк пишет, что адмирал «встретил смерть ея полным отчаянием, совершенным упадком духа…, не хотел оставить тело любимого им существа далеко от себя и своей родины». Он перевез прах жены в Петербург. Надгробие над ее могилой заказал знаменитому Мартосу: скульптор изобразил самого Чичагова в позе отчаяния; эпитафия в английских стихах была украшена стонущим признанием на русском языке: «На сем месте навеки схоронил я мое блаженство…»
После похорон жены, полностью разбитый, подавленный горем, Чичагов пожелал оставить пост министра:
— Я в таком состоянии, что пользы не принесу. Александр I с ним согласился:
— Но я оставлю вас в свите. Кстати, — сказал он, беря со стола бумагу, — прочтите, адмирал, что пишут из Парижа…
Это было донесение тайного агента: Наполеон собирал армию для нападения на Россию, уверенный в успехе, ибо русская армия под командованием Кутузова сражалась на Дунае.
— Я уже писал Михаиле Ларионычу, дабы он поспешил с миром, чтобы освободить Дунайскую армию для борьбы с Наполеоном…
Чичагов отметил в мемуарах: «Кампания 1812 года уже открывалась перед нами. Иноплеменная армия, составленная из войск многих государств материка Европы, стояла на рубежах России…, все готовились к войне, которая предвиделась нам в самом кровавом ея виде». Утром 6 апреля 1812 года император принял Чичагова в своей спальне, сказав, что завтра выезжает в Вильну, а Наполеон усилил себя армиями своих сателлитов — Австрии и Пруссии, на что адмирал ответил ему:
— Дунайская армия, тоже усиленная добровольцами Молдавии, Валахии и Сербии, способна разрушить тыл Наполеона со стороны Балкан, сразу проникнув в земли венских монархов.
— Вот вы и возьмите на себя Дунайскую армию… Чичагов прибыл в Бухарест, где Кутузов накануне уже подписал прелиминарные условия мира, а когда трактат о мире был утвержден, он сдал Дунайскую армию адмиралу:
— Теперь османы не могут помешать нам расправиться с этим зарвавшимся корсиканцем. Прощайте, адмирал…
Дунайская армия превратилась в резервную. Наполеон еще не думал оставлять Москву, когда Чичагов получил из Петербурга приказ — двинуть свою армию в Белоруссию, чтобы отрезать пути отхода французам. Перемещая армию с берегов Дуная, адмирал успешно отбил наскоки австрийцев и саксонцев, союзников Наполеона, которые сочли за благо укрываться в Польше. Когда же Наполеон оставил Москву и побежал вспять, стало ясно, что ему — на путях к Вильне — никак не миновать переправы у Березины, куда подходила Дунайская армия. Наполеон, преследуемый Кутузовым с тыла, окажется в капкане. Позорный плен — вот что ожидало его на Березине!
— Понимаем, — рассуждали в штабе Чичагова, — именно здесь, на переправах через Березину, история сплетает два венца — терновый для Наполеона и лавровый для нашего адмирала…