СЦМ являлся многоконфессиональным образованием и, формально, не имел какой-либо государственной религии. Однако взаимоотношения Церкви и правительства, по своей сути, мало чем отличались от отношений между властями и НБС. По негласным правилам игры, НБС практически не вмешивалась во внешнюю или внутреннюю политику, проводимую правительством СЦМ. А вот политические взаимоотношения с Церковью были гораздо запутаннее и сложнее. В центральных областях СЦМ церковники в политику практически не вмешивались. С увеличением расстояния от центра их фоновое влияние достаточно сильно возрастало. Иногда Церковь обращалась за помощью к правительству и получало её, так как властям была выгодна подконтрольная буферная зона между спокойным и комфортным центром и разношёрстной периферией. Зачастую, церковники получали помощь и без всяких запросов – мощные отделы аналитики СЦМ, просчитав вероятности ситуаций в той или иной области, нередко принимали решение явно или косвенно привлечь представителей Церкви. Случалось и наоборот. Чиновники разного уровня, отделы аналитики которых не обладали ресурсами просчитать сложные ситуации или упирались в системные ограничения, обращались за советом к отцам и обычно получали весьма хорошо просчитанные аналитические выкладки, которые учитывали интересы региона, соседних территорий, личные интересы кланов чиновников и, разумеется, интересы самой Церкви и её отдельных представителей. Со стороны могло казаться, что отношения между аппаратом управления СЦМ и Церковью были выстроены исключительно на корыстных взаимовыгодных принципах, однако на деле это было не совсем так – обе стороны понимали, что стабильность, процветание и развитие общества, в котором они существуют, зависит от их слаженного взаимодействия и они не представляют друг для друга реальную угрозу.
Подобно другим религиозным организациям, Церковь постоянно и неусыпно заботилась о спасении душ людей, помогала разобраться в себе неуверенным и наставляла на путь истинный метущихся. Любой человек мог прийти в храм и выговориться о своей проблеме, нередко получая какой-нибудь расплывчатый совет и наставление, которое можно было трактовать как угодно. Но это работало – люди получали ощущение внешней поддержки и участия и более увереннее принимали решения. В этом и заключался основной смысл филигранной работы церковников – решения на самом деле принимались фактически самими людьми, но, при успешном разрешении проблемы, уважение и репутация Церкви возрастали. А если у человека ничего не получилось или проблема усугублялась, то при очередном посещении храма с подробным рассказом о произошедших событиях, отцам всегда несложно было найти причину неудачи. Правительство определяло юридическую правильность тех или иных поступков людей. Отцы призывали прислушаться к своим ощущениям справедливости, совести, сострадания, любви, однозначно разделяли поступки на хорошие и плохие. Церковь, фактически, задавала в обществе критерии понятий добра и зла. Тандем правительства СЦМ и Церкви был отбалансирован временем, позволяя властям эффективно концентрироваться на задачах управления, без особого ущерба отвлекаясь от вопросов социального воспитания своих граждан. Важность этого тандема для будущего понималась на высоких уровнях руководств СЦМ и Церкви.
Одним из идеологических направлений Церкви являлась концепция полного контроля научно-технического прогресса и его плавного и поступательного развития. Прогрессисты и многие учёные были против подобного подхода и многие, откровенно говоря, недолюбливали отцов за порой чрезмерное усердие в продвижении подобных идей, указывая, что с таким консервативным подходом не было бы ни нейросетей, ни гипердвигателей и человечество вообще вряд ли выбралось бы в дальний космос. Но Церковь умела красиво говорить и аргументировать свои позиции. Властям она предлагала низкую социальную напряжённость вследствие сглаживания резкого внедрения новейшей техники. Гражданам гарантировалось спокойствие и уверенность в жизни, отсутствие ненужных резких изменений в будущем в результате массового внедрения новых технологий и устройств, которые способны нивелировать их значимость на рабочих местах или вовсе лишить работы. Периферийным мирам предлагалось сохранение экологии, близость к природе, единение с ней и ощущение гармонии и счастья размеренной жизни. И надо отметить, что подобные идеи находили немалый отклик в самых широких слоях общества. Позиции Церкви были очень сильны в некоторых периферийных мирах, экологический баланс, которых был уже нарушен бесконтрольным применением техники и запуском плохо проработанных производственных циклов. В подобных мирах авторитет правительства был низок и нередко реальную власть имели именно церковники, которые всегда говорили правильные вещи понятными для людей словами.