До октября 1941 года реактивного оружия на самолете не было, и Як-1 по земным целям применялся недостаточно эффективно. Отсутствовало и бомбардировочное вооружение.
Особой необходимости в нем не было, но поскольку на бомбардировочные установки предусматривалась подвеска химического вооружения, то высказывалось пожелание на одном из Як-1 отработать и бомбовое вооружение, как образец.
Летчики отмечали также, что при стрельбе длинными очередями ночью пламя пороховых газов от пулеметов ШКАС мешало прицельной стрельбе. Бронеспинка защищала летчика лишь от пуль калибра 7,62 мм на дистанции действительного пулеметного огня.
Як-1 не имел бронезащиты спереди. Не лучше обстояло дело и с защитой топливных баков, на которые ставили устаревшие протекторы образца 1937 г.
Кроме этого, отмечались негерметичность пневмосистемы, недостаточная прочность хвостового колеса, невозможность уборки шасси после их аварийного выпуска без разъединения системы аварийного выпуска на земле (для стравливания воздуха), течь бензобаков в местах точечной сварки и неравномерная выработка топлива, заклинивание водорадиатора в направляющих узлах и прочее.
Зимой эксплуатация Як-1 на лыжах сильно усложнялась, поскольку, по свидетельству военинженера 2-го ранга Сидорова (11-й иап), при низких температурах амортизационные стойки не «пружинили». Подъем лыж часто отказывал, а весь комплект весил 130 кг. Для уборки шасси использовалось давление в пневмосистеме 45–50 атмосфер, чего явно не хватало.
Что касается спецоборудования, то не обеспечивалась легкосъемность радиоприемника, а сильные помехи мешали радиоприему и дальность радиосвязи не превышала 70–80 км. К тому же высокий уровень помех утомлял летный состав. Освещение прицела и кабины связано одним реостатом, и в случае маскировки нельзя было включить один прицел или компас для самолетовождения. Установочные углы фар не позволяли производить посадку ночью без аэродромных осветительных средств, поскольку их свет, отраженный от вращающегося винта, ослеплял летчика.