Жаркие споры велись только по поводу Мардука. В первые годы царствования Набонид раздумывал, не отождествить ли Сина с ним, Иштар — с его супругой и бога-солнце — с Набу. Словом, царь собирался поступить так, как несколькими веками ранее сторонники самого бога Вавилона: неприметного божка они связали с Эриду через Энки или Эа. Но догматика, разработанная во время пребывания царя в Аравии, сделала такой синкретизм невозможным: природа и могущество бога-луны уже не могли быть простым воспроизведением сущности и силы Мардука. Универсальность Сина намного превосходила роль вавилонского бога, который, при всем своем престиже, оставался именно вавилонским. Поэтому он должен был уступить авансцену. В новой теологии Син в некотором смысле возвращал его туда, где он был вначале, в прежнее положение местного аграрного божества. Он даже вторгся в его храм. Столкновение стало неизбежным. Автор «Памфлета» дает живой и даже живописный рассказ о том, что происходило в «Доме под высокой кровлей». Набонид «увидел убранство Дома под высокой кровлей, убранство, созданное Эа всезнающим, и стал богохульствовать. Когда он увидел в Доме под высокой кровлей лунный серп, он
Кроме того, Мардук стал богом безвластным. На все время отсутствия Набонида новогодние празднества, естественно, прервались, поскольку в городе не было их главного участника из числа людей — государя. Лишь он мог «взять руку Мардука», отвести его статую вместе со статуями других божеств в «Дом Нового года», чтобы там был исполнен обряд.
И только так, уверяли сторонники бога Вавилона, могло быть гарантировано изобилие. Но никогда еще сельское хозяйство так не процветало, как в те десять лет, когда вавилонский царь был в отлучке. Ненужность ритуала и, логически рассуждая, самого бога была наглядно явлена всем. Отныне правил Син. Это не означало, что Набонид, с таким пылом проводивший религиозную реформу, перестал выполнять другие обязанности вавилонского государя. Чтобы противостоять политической и военной угрозе, нависшей над его царством, он вновь принял на себя все полномочия.
В 546 году, за три года до возвращения Набонида из Аравии, персы установили контроль над всем Анатолийским плоскогорьем и вышли к Эгейскому морю. Теперь их владения соприкасались с Вавилонской империей по всей ее восточной и северной границе. Насколько конкретными и точными сведениями о намерениях Кира располагали вавилоняне, мы не знаем. Но они не могли не представлять себе общей ситуации на Ближнем Востоке. Это показало и поведение царя Вавилонского.
В середине марта 539 года праздник Нового года состоялся обычным образом, а потом Набонид отдал распоряжения войску и приготовился к обороне столицы. Жителей Вавилона обязали при этом исполнять трудовую повинность. Экономическая жизнь погрузилась в хаос — так по крайней мере утверждал Кир, одержав победу.
Набонид обратился за помощью к богам «страны Шумера и Аккада». Чтобы снискать их милость, он прежде всего решил защитить их статуи. С этой целью он велел укрыть их в Вавилоне. Переезд длился до середины сентября. Таким образом он избавлял богов от опасности вражеского плена. Между тем он уже не контролировал ось Сиппар—Кута— Барсиппа. Персы вошли в Вавилонию с северо-востока и сразились с вавилонянами в битве при Описе: им надо было закрепить за собой переправу через Тигр. В кровавом сражении вавилоняне потерпели поражение, в котором погиб и Валтасар. Сиппар сдался 10 октября 539 года без боя, дорога на столицу была открыта. Набонид бежал в Барсиппу; пытаясь вернуться в Вавилон, он попал в плен, не добравшись до него. Персы вошли в столицу 12 октября, через 17 дней в нее торжественно въехал Кир.
Источники противоречиво говорят о дальнейшей судьбе старого паря (ему тогда было около семидесяти пяти лет). Кажется, Кир пощадил его, назначив местом жительства Карманию — далеко на юго-востоке, на Иранском нагорье. В поступке нового «царя Вавилона и всех стран», конечно, было больше политического расчета, чем гуманности. Ведь ему надо было завоевать общественное мнение — и жителей Месопотамии, и царей империи с их придворными.
И действительно, Кир овладел Вавилонией только благодаря силе своего оружия. Естественно, право победителя в войне на Ближнем Востоке подразумевалось само собой: все признавали этот факт, какие бы чувства при этом ни испытывали. Набонид представал виноватым уже потому, что был побежден и потерял в сражении наследника.