Утверждения подсудимых о том, что на этапе следствия органы советской прокуратуры и советской государственной безопасности, применяя противоправные методы ведения следствия заставили их оговорить себя и иных лиц, так же не находят подтверждения, поскольку следственной комиссией, в связи с исключительным общественным значением дела было принято решение о документальной фиксации всех без исключения следственных действий посредством аудиозаписи киносъемки. Президиумом Верховного суда СССР не установлено фактов нарушения уголовно-процессуального законодательства на этапе следствия, кроме того приговор подсудимым постановлен на основании не только их показаний, но и на основании свидетельских показаний иных лиц, а также других вещественных доказательствах.
Однако, при рассмотрении дела по существу Военной коллегией Верховного Суда был допущен ряд нарушений советского законодательства, а именно:
— При рассмотрении преступных деяний Минаева А.И. судом не установлена причастность Минаева к попытке захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, степень осведомленности Минаева о конкретном плане захвата власти, а так же не установлено, какие именно действия совершил Минаев в рамках общего умысла на захват власти. Кроме того, в материалах дела суд не усматривает доказательств того, что Минаев, претворяя в жизнь свои преступные замыслы, действовал совместно и согласованно с Яковлевым, Шеварднадзе и другими осужденными в рамках общего умысла.
— При рассмотрении преступных деяний Шеварднадзе Э.А. судом в недостаточной степени исследована степень личной причастности Шеварднадзе к попытке захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, степень осведомленности Шеварднадзе о конкретном плане захвата власти, а так же не установлено, какие именно действия совершил Шеварднадзе Э.А. в рамках общего умысла на захват власти.
— При рассмотрении преступных действий Яковлева А.И. Военная коллегия Верховного суда СССР не установила причин и обстоятельств, способствовавших совершению Яковлевым А.И. инкриминируемых ему преступлений, не вынесла представлений об устранении условий, способствовавших их совершению.