В первый рабочий рейс он вышел в конце апреля 1900 года, накануне ледохода, шёл налегке и доставил в Мысовую 500 пассажиров, 167 лошадей, два паровоза, три вагона и тысячу пудов груза. Занял этот ледовый поход 17 часов, но пассажиры были в восторге от путешествия, этим рейсом состоялось долгожданное соединение Средне-Сибирской и Забайкальской дорог, провозглашено было начало сквозного движения по Транссибу. “Перешагнуть” Байкал стоило многого, и ликование в столицах и провинциях, на вокзалах и пристанях было заслуженным: перешагнули! После десятилетней почти истяги пришёл час, когда громоздкое и казавшееся неподъёмным сооружение, несмотря на всё временное и ненадёжное в нём, поднялось во весь свой огромный, с пульсирующим сердцем, рост и, оглядевшись, по-хозяйски вздохнуло: работы-то, работы! мать ты моя!…
И сразу начались испытания. В Китае вспыхнули беспорядки, дорога в Маньчжурии на сотни вёрст оказалась уничтожена, пошли военные эшелоны, повезли строительные материалы и конструкции. И всё срочно, срочно. Увеличился поток переселенцев. Летом по полой воде паромная переправа с грехом пополам справлялась с нагрузкой, в августе к ледоколу “Байкал” присоединилась “Ангара”, и хотя она не была предназначена для перевозки железнодорожных составов, но в пожарных случаях могла взять на борт до тысячи человек вместе с грузом. В первую навигацию ледоколы успевали делать за день в основном только по одному рейсу: продолжались ходовые испытания, не до конца были обустроены причалы, много времени занимали погрузка и выгрузка. Но у переправы имелся ещё и малотоннажный флот — небольшие пароходы, катера, баржи, в необходимых случаях к перевозкам подключалось пароходство кяхтинского купца Немчинова, так что с натугой, авралами, без сна и отдыха, но тянули через Байкал всё, что доставлялось по рельсам.
А зимой несчастье за несчастьем. Подводила Мысовая, гавань там выбрали неудачно. Открытая всем ветрам, она рано набивалась шугой, которая шубой вставала до самого дна и на подходах к вилке, и в самой вилке (раздвоенный наподобие вилки каменный мол, на 400-500 метров протянутый в море для швартовки ледоколов). Рано Мысовая льдом забивалась и поздно, с затяжкой в три-четыре недели, ото льда очищалась. В конце декабря 1901 года только что переоборудованный для зимней работы “Байкал”, выдираясь из ледового плена, сломал гребной вал. Пришлось заказывать его в Англии. В феврале вал привезли, поставили, но в натужных попытках уйти в Байкал ледокол повредил носовой вал. Две недели в неимоверных усилиях длилось его возвращение в порт Байкал, где он и застыл надолго в полной неподвижности. Пришлось срочно строить причалы возле станций Мишиха и Переёмная недалеко от Мысовой, а в ледовые месяцы, примерно с середины января до середины апреля, паромную переправу, сдавшись на милость Байкалу, полностью прекращать.
Может быть, и верно, решительность людей со стороны, талантливых и смелых инженеров, управлявших паромной переправой и не сомневавшихся в её круглогодичной работе, на первых порах застала Байкал врасплох, но в конце концов правда оказалась на стороне сибиряков, не веривших в то, что он может позволить взламывать свой лёд во всю зимушку. Тот же И. И. Попов, на воспоминания которого мы уже ссылались, не преминул заметить: “После закладки вокзала в Иркутске решили построить ледоколы на Байкале, а постройку Кругобайкальской дороги отложили. Нам, сибирякам, казалось невероятным, чтобы ледокол мог на расстоянии 40-50 вёрст ломать байкальский лёд с его торосами и трещинами. Мы говорили инженерам, что их ледоколы зимой будут стоять в гавани, запертые льдом. К нашим сомнениям отнеслись презрительно, но сибиряки оказались правы. Ледоколы каждую зиму стояли в гавани и ремонтировались…”.
Вот тогда и вспомнили о лошадках, вот тогда сотни подвод из окрестных и даже дальних поселений бесконечной чередой двинулись по зимнему Байкалу, подтверждая правильность измерения любой технической мощи лошадиной силой.
Вот тогда, перед очевидностью того, что морские перевозки не в состоянии действовать с непрерывностью и точностью часового механизма, и было подстёгнуто строительство Кругобайкалки по суше.
Вот тогда и стали ускоряться события на востоке: обнаружившаяся байкальская прореха посулила врагам России выигрышную ситуацию, которой предстояло воспользоваться.