Вторая фаза охватывала период с середины апреля и до нападения на СССР, когда скрыть сосредоточение огромной массы войск было уже невозможно. В соответствии с директивой ОКВ на второй фазе стратегическое развертывание сил для операции «Барбаросса» должно быть «представлено в свете величайшего в истории войн дезинформационного маневра с целью отвлечения внимания от последних приготовлений к вторжению в Англию». В конце второй фазы немецким командованием были разработаны ложные операции «Гарпун» и «Акула» с целью создать впечатление подготовки высадки десанта в Англию с побережья Норвегии, проливов Ла-Манш, Па-де-Кале и из Бретани.
Переброска на Восток огромной массы людей, техники и вооружения осуществлялась по специально разработанному графику и проводилась пятью последовательными эшелонами. Танковые и моторизованные дивизии перебрасывались в последнюю очередь.
Общее руководство мероприятиями по дезинформации осуществляло ОКВ через так называемый Отдел обороны страны. Этот отдел отвечал за согласование маскировочных мероприятий командований всех видов вооруженных сил, особенно по скрытию переброски войск, с мерами, намечавшимися начальником управления разведки и контрразведки верховного главнокомандования (абвер).
Для распространения дезинформации широко использовали агентов-двойников и немецкую агентуру. На абвер возлагалось также руководство распространением целенаправленной дезинформации через немецких военных и военно-морских атташе в нейтральных странах и через военные атташаты нейтральных стран в Берлине. Например, военный атташе Германии в Москве получил указание объяснять концентрацию немецких войск в Польше тем, что польская территория находится вне пределов действий английской авиации и представляет отличное место для тренировки войск, готовящихся к вторжению в Англию.
Следует отметить еще одно направление дезинформационной деятельности немцев. По указанию абвера и VI управления Главного управления имперской безопасности (внешнеполитическая разведка) немецкая агентура в западных странах и Японии фабриковала вымышленные сведения о военных приготовлениях СССР, направленных якобы против Германии. Эта информация по каналам разведки попадала на страницы западных газет, а затем, со ссылкой на западные источники, перепечатывалась немецкой прессой. Используя свои же фальшивки, немцы жаловались советским представителям на то, что «концентрация» советских войск на восточных границах Германии серьезно омрачает германо-советские отношения и угрожает безопасности «Третьего рейха». Маршал Г. К. Жуков приводит высказывание Сталина по поводу такой информации: «Вот видите, нас пугают немцами, а немцев пугают Советским Союзом и натравливают нас друг на друга».
К фабрикации и распространению слухов в 1941 г. в Германии были подключены лучшие специалисты МИДа, министерства пропаганды, абвера, службы безопасности и верховного командования ВС Германии. Координирующим центром дезинформации стало «Бюро Риббентропа», руководящая роль в котором принадлежала штандартенфюреру СС Ликусу. После прибытия в Берлин нового резидента НКВД А. Кобулова, не имевшего разведывательной подготовки и опыта работы за рубежом, Ликус подставил ему своего агента, которого Кобулов «завербовал» как ценный источник политической информации. Таким образом, агент Ликуса Петер был включен в агентурную сеть НКГБ под псевдонимом Лицеист.
Зная, что Кобулов является резидентом НКВД и братом заместителя наркома внутренних дел Б. Кобулова, человека из ближайшего окружения Берия, Ликус организовал подготовку дезинформационных сообщений с привлечением высших государственных деятелей Германии. Он надеялся — и не ошибся в своих расчетах, — что информация от Петера будет докладываться высшему военно-политическому руководству СССР. В подготовке этой информации принимал личное участие Риббентроп и докладывал ее Гитлеру. Только с его согласия, а нередко и с его поправками, информация передавалась Ликусу, далее Петеру-Лицеисту, Кобулову, Берии, Сталину. Риббентроп на одном из докладов Петера в свое бюро написал: «Мы можем агента накачать тем, чем мы хотим». Естественно, что донесения Лицеиста сводились к тому, что планы Гитлера направлены непосредственно против Англии и ее позиций на Ближнем и Среднем Востоке и Германия сделает все возможное, чтобы избежать войны на два фронта.
Казалось бы, Берлин сделал все, чтобы скрыть свои истинные планы. Но уже 29 декабря 1940 года (через 11 дней после того как Гитлер подписал план «Барбаросса» о нападении на СССР) Разведывательное управление Генерального штаба Наркомата обороны (Разведупр) выдало сообщение:
«…Гитлер отдал приказ о подготовке к войне с СССР. Война будет объявлена в марте 1941 г. Дано задание о проверке и уточнении этих сведений».
4 января 1941 г. Разведупр — со ссылкой на руководителя нелегальной агентурной группы в Берлине — подтвердил: «Эти данные основаны не на слухах, а на специальном приказе Гитлера, о котором известно лишь ограниченному кругу лиц».