Незадолго до начала войны случилось экстраординарное происшествие. 15 мая 1941 года немецкий транспортный самолет Ю-52, не замеченный советскими постами ПВО, совершил перелет по маршруту Белосток — Минск — Смоленск — Москва, приземлившись на московском аэродроме. Советская ПВО была тогда слабой и оставалась такой вплоть до начала 60-х годов, когда на вооружение поступили зенитные ракетные комплексы. Вряд ли можно было всерьез винить в происшедшем авиационных генералов, в том числе начальника Главного управления ПВО генерал-полковника Григория Михайловича Штерна, всего за месяц до злосчастного полета занявшего этот пост. Но Сталин решил почистить руководство авиации и ПВО. Штерна арестовали, припомнив сокрытие неподходящего социального происхождения. Затем арестовали еще несколько генералов, в том числе бывшего начальника Генштаба К. А. Мерецкова и наркома вооружений Б. Л. Ванникова. Двум последним повезло. Продержав несколько месяцев в тюрьме и заставив признаться в заговоре и шпионаже в пользу Германии, Кирилла Афанасьевича и Бориса Львовича выпустили и восстановили в генеральских званиях. Другим повезло меньше. По представлению Берии, Сталин санкционировал расстрел Г. М. Штерна, П. В. Рычагова, А. Д. Локтионова, Я. В. Смушкевича и других арестованных по «делу авиаторов». Это представление, как и в случае с поляками, Лаврентий Павлович писал по указанию Хозяина. Несчастных расстреляли в Куйбышеве 28 октября 1941 года. Большинство из них не выдержали избиений во время следствия и покаялись в преступлениях, которые не совершали, — подготовка заговора и шпионаж в пользу Германии. Только командующий Прибалтийским военным округом генерал-полковник А. Д. Локтионов стойко вынес пытки и ни в чем не признался, что, однако, не спасло его от пули.
Трижды Берия выезжал на фронт. Два раза (в августе — сентябре 1942 года и в марте 1943 года) на Кавказ в качестве представителя Ставки Верховного Главнокомандования. Третий раз ему довелось сопровождать Сталина во время поездки в район Ржева на Калининский фронт в августе 1943-го. Как полководцу Лаврентию Павловичу пришлось проявить себя лишь однажды — осенью 1942-го на Кавказе. Мнения о том, сколь успешными оказались его действия, диаметрально противоположны — рубежом между ними закономерно стал день ареста Берии. Еще в 1950 году некий М. И. Барамия защитил кандидатскую диссертацию на тему «Выдающаяся роль т. Берии в обороне Кавказа» (издать ее отдельной книгой помешал арест автора в следующем году по так называемому «мингрельскому делу»). О полководческом искусстве Лаврентия Павловича в битве за Кавказ писал и генерал армии Герой Советского Союза И. И. Масленников, в 1939 году выдвинутый Берией на пост командующего пограничными войсками и заместителя наркома внутренних дел, а в 1942–1943 годах командовавший Северной группой войск Закавказского фронта и Северо-Кавказским фронтом. В 1952 году в августовском номере журнала «Военная мысль» появилась статья Завьялова и Калядина «Битва за Кавказ». По поводу этой статьи Масленников направил специальное письмо начальнику Военно-научного управления Генерального штаба, где отмечал: «На странице 56, характеризуя мероприятия Ставки Верховного Главнокомандования СССР, авторы лишь вскользь и чрезвычайно бегло упоминают об огромной творческой работе и принципиальных политических организационных мероприятиях, которые осуществил товарищ Лаврентий Павлович Берия, создавший коренной перелом, изменивший всю обстановку, несмотря на чрезвычайно трудное положение, сложившееся на кавказских фронтах к августу 1942 года. Подобная характеристика деятельности товарища Л. П. Берия не дает исчерпывающей картины всех мероприятий, которые были проведены под личным и непосредственным руководством товарища Лаврентия Павловича Берия.
Л. П. Берия, владея сталинским стилем руководства, личным примером показал образцы большевистского, государственного, военного, партийно-политического и хозяйственного руководства Закавказским фронтом (август 1942 — январь 1943 г.), блестяще претворил указание товарища Сталина».
Позже, в ходе следствия по делу Берии, генералы, вполне естественно, о военных талантах поверженного маршала отзывались совершенно иначе. Члены Генерального штаба А. П. Покровский и С. П. Платонов написали специальный доклад для следователей «К вопросу о преступной деятельности Берии во время обороны Кавказа». Там, в частности, утверждалось: «Для выполнения задачи обороны в восточной части Кавказского хребта 8 августа была создана Северная группа войск Закавказского фронта, командующим которой, видимо, по настоянию Берии был назначен генерал Масленников, до этого неудачно командовавший армией на Калининском фронте… Генерал Масленников, несомненно, пользуясь покровительством Берии, нередко игнорировал указания командующего фронтом и своими действиями задержал перегруппировку войск».