И июня 1939 года начальник Следственной части НКВД комиссар госбезопасности 3-го ранга Б. 3. Кобу-лов утвердил составленное следователем старшим лейтенантом госбезопасности В. Т. Сергиенко постановление о привлечении бывшего наркома внутренних дел к уголовной ответственности. Ежова обвиняли в том, что он вместе с Фриновским, Евдокимовым, начальником 1-го отдела ГУГБ, ведавшего охраной членов правительства, Израилем Яковлевичем Дагиным и другими «заговорщиками» установил «изменнические, шпионские связи» с «кругами Польши, Германии, Англии и Японии». Получалось, что Николаю Ивановичу удалось объединить усилия государств, которые всего через пять месяцев после его ареста вступили в войну друг с другом. «Запутавшись в своих многолетних связях с иностранными разведками, — утверждал Сергиенко, — и начав с чисто шпионских функций передачи им сведений, представляющих специально охраняемую государственную тайну СССР, Ежов затем по поручению правительственных и военных кругов Польши перешел к более широкой изменнической работе, возглавив в 1936 году антисоветский заговор в НКВД (подхватив эстафетную палочку из слабеющих рук Ягоды! —
В этих антисоветских целях Ежов сохранил и насадил шпионские и заговорщические кадры в различных партийных, советских и прочих организациях СССР.
Подготовляя государственный переворот, Ежов готовил через своих единомышленников по заговору террористические кадры, предполагая пустить их в действие при первом удобном случае. Ежов и его сообщники Фриновский, Евдокимов, Дагин практически подготовили на 7 ноября 1938 года путч, который по замыслу его вдохновителей должен был выразиться в совершении террористических акций против руководителей демонстрации на Красной площади в Москве.
Через внедрение заговорщиков в аппарат Наркомин-дела и дипломатические посты за границей Ежов и его сообщники стремились обострить отношения СССР с окружающими странами в надежде вызвать военный конфликт. В частности, через группу заговорщиков в Китае Ежов проводил вражескую работу в том направлении, чтобы ускорить разгром китайских националистов, облегчить захват Китая японскими империалистами и тем самым подготовил условия для нападения Японии на советский Дальний Восток. Действуя в антисоветских и корыстных целях, Ежов организовал убийства неугодных ему людей, а также имел половые сношения с мужчинами (мужеложество)».
Выходит, даже гомосексуализмом Николай Иванович занимался «в антисоветских целях»! Вообще же в постановлении рисовалась картина широкого заговора, в точности повторявшая сценарии процессов 1936–1938 годов. На возможность нового процесса намекали слова о том, что заговорщики действовали не только в НКВД, но и в других советских и партийных учреждениях. Поэтому у Ежова, когда он познакомился с постановлением, могла возникнуть надежда, что он тоже удостоится открытого суда. И Николай Иванович решил подтвердить на следствии все обвинения, несмотря на нелепость и абсурдность многих из них. Среди обвинений были и оригинальные. Например, Ежов якобы умышленно размещал лагеря с заключенными вблизи границ, чтобы подкрепить интервенцию Японии восстанием узников ГУЛАГа.
Некоторые из обвинений, скорее всего, соответствовали действительности. Вряд ли был выдумкой гомосексуализм Ежова — уголовно наказуемое деяние по тогдашним законам. Для открытого процесса этот сюжет не очень подходил, так как тема однополой любви для советской прессы в те времена была табу. Для закрытого же разбирательства придумывать обвинение в гомосексуализме не стоило, ведь к заговору с целью захвата власти оно никакого отношения не имело. Очевидно, здесь действовал принцип, по которому к фантастическим политическим обвинениям добавлялось несколько реальных бытовых. Точно так же после Второй мировой войны ряд генералов и маршалов судили по надуманным обвинениям в заговорах и антисоветской деятельности, заодно плюсуя и вполне справедливые обвинения в присвоении трофейного имущества.