Обдумывая сложившееся положение, я пришел к выводу, что мне удобно… выступить в роли разоблачителя Абакумова. Так я и поступил, обвинив Абакумова не в известных мне фактах фальсификации следствия, а в смазывании дел и, прежде всего, в злонамеренном сокрытии показаний по террору…» О роли Маленкова Михаил Дмитриевич благоразумно умолчал, признав только, что писал донос в кабинете Игнатьева.
В июле 1951 года Абакумова сняли с поста главы МГБ за недостаточную активность в разработке «дела врачей», за то, что проглядел развитие «еврейского заговора». 12 июля Виктор Семенович был арестован. Деятельность МГБ проверяла комиссия ЦК в составе Маленкова, Берии, Шкирятова и Игнатьева. Рюмина произвели в полковники, назначили начальником Следственной части по особо важным делам, а затем и заместителем министра госбезопасности.
На одном из первых допросов, которые вел первый заместитель Генерального прокурора СССР К. Моки-чев, Абакумов заявил: «У меня были ошибки, недостатки и неудачи в работе. Это все, в чем я виноват… Утверждаю, что никаких преступлений против партии и Советского правительства я не совершал. Я был весь на глазах у ЦК ВКП(б). Там повседневно знали, что делается в ЧК…»
Бывшему министру МГБ инкриминировали, в частности, недостаточное внимание к «террористическим замыслам» Якова Гиляровича Этингера, одного из плеяды «врачей-вредителей», умершего в тюрьме во время следствия. В закрытом письме ЦК «О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности СССР» на основе выводов комиссии подследственный характеризовался как матерый враг советской власти и был поставлен в один ряд с фигурантами процесса «правотроцкистского блока»: «В ноябре 1950 года был арестован еврейский националист… врач Этингер. При допросе старшим следователем МГБ т. Рюминым арестованный Этингер, без какого-либо нажима (избиение резиновыми дубинками серьезным средством давления, разумеется, не считали.
На следствии Мокичев допытывался: «Почему вы долго не арестовывали Этингера, а после ареста запретили допрашивать его о терроре, сказав Рюмину, что Этингер «заведет в дебри»?»