Преследования жены Молотова начались после того, как Сталин решил разогнать Еврейский антифашистский комитет (ЕАК). Ранее, в 1947 году, Советский Союз поддерживал создание государства Израиль в Палестине, рассчитывая на то, что удастся оказывать преобладающее политическое влияние на местную элиту, среди которой были популярны социалистические взгляды.
Однако вскоре стало ясно, что новое государство ориентируется на США, а не на СССР — деятельность ЕАК, с точки зрения Сталина, утратила смысл. Членам комитета инкриминировали предложение, сделанное еще в феврале 1944 года, о создании в Крыму Еврейской социалистической республики как некой альтернативы палестинскому Израилю. Тогда советское правительство в идее «Калифорния в Крыму» видело средство привлечения еврейских капиталов для восстановления советской экономики. С началом же «холодной войны» Сталин усмотрел в сионистском движении канал влияния буржуазной идеологии и распорядился свернуть деятельность еврейских организаций в СССР. По его приказу еще 13 января 1948 года Абакумов организовал убийство председателя ЕАК великого режиссера и актера Соломона Михоэлса, причем непосредственным исполнителем преступления был заместитель Абакумова генерал-лейтенант С. И. Огольцов. А 20 ноября 1948 года Политбюро одобрило постановление Бюро Совмина, которым Министерству госбезопасности поручалось немедленно распустить ЕАК, поскольку, «как показывают факты, этот комитет является центром антисоветской пропаганды и регулярно поставляет антисоветскую информацию органам иностранной разведки». Членов комитета предписывалось пока не арестовывать. Аресты начались в январе 1949-го, когда взяли бывшего начальника Совинформбюро С. А. Лозовского, поэта Исаака Фефера, писателя Переца Маркиша и других членов ЕАК. Дело о «сионистском заговоре» начинал Абакумов, которому удалось выбить из арестованных признательные показания. Однако еще до суда над членами ЕАК Виктора Семеновича арестовали. Дело заканчивал новый министр госбезопасности С. Д. Игнатьев. Последний 24 августа 1951 года жаловался Маленкову и Берии: «Почти совершенно отсутствуют документы, подтверждающие показания арестованных о проводившейся ими шпионской и националистической деятельности под прикрытием ЕАК». С точки зрения Сталина, Абакумов гораздо хуже, чем покойный Ежов, умел воплощать в жизнь сценарии больших политических процессов. Не хватало фантазии и образования. В результате процесс ЕАК пришлось делать закрытым. Он продолжался необычно долго — с 8 мая по 18 июля 1952 года. Даже всегда послушная Военная коллегия усомнилась в виновности подсудимых. Ее председатель А. А. Чепцов предложил вернуть дело на доследование, но его заверили наверху, что в Политбюро вопрос решен, и продиктовали приговор: 13 человек — к высшей мере наказания. Только одна из членов ЕАК — академик Л. С. Штерн — отделалась тремя с половиной годами тюрьмы и пятью годами ссылки.
Серьезным испытанием для Абакумова стало «ленинградское дело». Возможно, поведение министра госбезопасности в этот период вызвало в конечном счете его падение в июле 1951 года.
Предыстория «ленинградского дела» такова. В 1946 году, после дела о браке в авиапромышленности, Маленков, Берия и другие деятели прежней четверки были временно оттеснены на второй план. Новым фаворитом Сталина оказался Жданов, ставший его фактическим заместителем по партии и главным идеологом. Выдвижению Андрея Александровича способствовал брак его сына Юрия с дочерью Сталина — Светланой. Вместе со Ждановым на первый план выдвинулись члены «ленинградской команды».
Алексей Александрович Кузнецов, бывший первый секретарь Ленинградского обкома и горкома партии, в марте 1946 года был произведен в секретари ЦК и назначен курировать МГБ и МВД. Он также сменил Маленкова в качестве начальника Управления отдела кадров Центрального Комитета. Близкий к «ленинградской группе» и, в частности, к Кузнецову, Михаил Иванович Родионов, бывший секретарь Горьковского обкома, в 1946 году возглавил Совет Министров РСФСР.
Николай Алексеевич Вознесенский, чья карьера в 1935–1937 годах была связана с Ленинградом и который, благодаря протекции Жданова, в свое время с поста председателя ленинградского комитета по планированию прыгнул в заместители председателя, а потом и в председатели союзного Госплана, в 1947 году был переведен из кандидатов в члены Политбюро. При этом функции Госплана значительно расширились. Однако Сталин вскоре разочаровался в новых выдвиженцах. Жданов много пил и в последние два года жизни был практически недееспособен. После его смерти в августе 1948 года на почве алкоголизма Сталин расправился со ждановцами в руководстве.
Первым поводом для недовольства стареющего вождя послужила прошедшая в январе 1949 года в Ленинграде Всероссийская оптовая торговая ярмарка, на которой собирались распродать излишки промышленных товаров.