4 мая 1946 года Абакумов сменил Всеволода Меркулова на посту министра государственной безопасности. СМЕРШ вошел в состав МГБ в качестве 3-го управления. Ивашутин полагал, что выбор кандидатуры Абакумова определялся тем обстоятельством, что «практические результаты деятельности СМЕРШ оказались выше, чем у НКГБ». Но вряд ли возможно даже сегодня объективно оценить, какое из этих двух ведомств в годы войны действовало эффективнее. Сколько настоящих шпионов и диверсантов поймали люди Абакумова, а скольких вывели в расход зазря, только для отчетности, мы, вероятно, не узнаем никогда. Думаю, Сталина росто разочаровал Меркулов, недостаточно боровшийся с «троцкистской опасностью», а проще говоря, лишком мало сажавший людей в тылу. У Абакумова количеством арестованных и расстрелянных все было > порядке. Подчинялся он непосредственно Сталину л как будто успел доказать любовь и преданность вож-[ю. Иосифу Виссарионовичу нравилось время от време-ш тасовать руководителей, чтобы не засиживались подолгу на одном месте, не обрастали связями и не создавали сплоченного клана своих сторонников. К руководителям органов госбезопасности это относилось в особенности. Сталин счел, что семь лет во главе НКВД для Берии и три года во главе НКГБ для Меркулова вполне достаточно, и решил попробовать Абакумова, отвергнув кандидатуру Рясного, поддержанную Маленковым и Берией.
Наиболее громкой акцией Абакумова на посту руководителя СМЕРШа стал арест Главного маршала авиации А. А. Новикова и ряда других генералов ВВС, виновных в приемке с авиазаводов бракованной техники. Это дело началось еще летом 1945-го с письма сына Сталина — Василия, командовавшего авиадивизией в Германии. В заявлении в Президиум ЦК от 23 февраля 1955 года Василий Сталин, уже находясь в тюрьме, так излагал обстоятельства возникновения «дела авиаторов»: «Мне не известно, какие обвинения предъявлены Новикову при снятии его с должности главкома ВВС, так как я был в это время в Германии. Но если на снятие и арест Новикова повлиял мой доклад отцу о технике нашей (Як-9 с мотором М-107) и о технике немецкой, то Новиков сам в этом виновен. Он все это знал раньше меня.
Ведь доложить об этом было его обязанностью как главкома ВВС, тогда как я случайно заговорил на эти темы. Ведь было бы правильно и хорошо для Новикова, когда я рассказывал отцу о немецкой технике, если бы отец сказал: «Мы знаем это. Новиков докладывал».
А получилось все наоборот. Я получился первым докладчиком о немецкой технике, а Новиков, хотел я этого или нет, умалчивателем или незнайкой. В чем же моя вина? Ведь я сказал правду, ту, которую знал о немецкой технике».
Василий ссылался на свой доклад о недостатках мотора, установленного на новом истребителе Як-9, что повлекло многочисленные аварии и катастрофы. В связи с этим 24 августа 1945 года Государственный Комитет Обороны принял специальное постановление «О самолете Як-9 с мотором ВК-107А», один из пунктов которого гласил: «За невнимательное отношение к поступающим из строевых частей ВВС сигналам о серьезных дефектах самолета Як-9 с мотором 107А и отсутствие настойчивости в требованиях об устранении этих дефектов — командующему ВВС Красной Армии т. Новикову объявить выговор». Позднее, в 1954-м, уже после реабилитации и в связи с проходившим тогда процессом по делу Абакумова, Новиков составил заметки, где старался в благоприятном для себя свете выставить обстоятельства своего ареста и доказать собственную невиновность. Он, в частности, утверждал: «Находясь в состоянии тяжелой депрессии, доведенный до изнеможения непрерывными допросами без сна и отдыха, я подписал составленный следователем Лихачевым протокол моего допроса с признанием моей вины во всем, в чем меня обвиняли…
Причиной создания… комиссии (по проверке деятельности командования ВВС. —
Александр Александрович прекрасно знал, что в это время «рвущийся к власти Васька» томится там же, где когда-то держали самого маршала. И валил на него всю вину за возникновение «дела о приемке самолетов». Хо-I я даже в «оправдательных записках» Новиков вынужден был признать, что сигнал, поступивший от Василия Сталина, был далеко не единственным: «Командующий ВВС МВО генерал Сбытов… написал пространное письмо в ЦК о недостатках в ВВС».