5 ноября в Президиум ЦК КПСС, а также лично Маленкову и Хрущеву был представлен доклад генерального прокурора СССР о деле Папулии (Павла) Орджоникидзе. В докладе говорилось, что Лаврентий Берия, желая скомпрометировать видного советского деятеля Серго Орджоникидзе, ложно обвинил в антисоветской деятельности его родного брата, который был арестован в ноябре 1936 года и сначала осужден на пять лет ссылки. В августе следующего года П. Орджоникидзе был снова арестован, возвращен из места ссылки и обвинен в причастности к убийству Кирова. Жестокими пытками его заставили подписать признательные показания в том, что он не только знал о контрреволюционном заговоре, но и сам в нем участвовал, намереваясь убить Берию. В ноябре 1937 года П. Орджоникидзе был расстрелян. Теперь прокурор Руденко просил опротестовать и прекратить то дело, а Орджоникидзе посмертно реабилитировать.
10 ноября на очередном допросе бывшему всесильному Берии предъявили обвинение в сотрудничестве с английской разведкой. В качестве основания для такого обвинения были названы свидетельства тех, кто утверждал, будто дядя Берии Георгий Джакелли был агентом британских спецслужб и сам Берия об этом знал, более того, связи между Джакелли и англичанами были установлены по настоянию Лаврентия Павловича. Согласно записям в протоколе, Берия отрицал предъявленные обвинения, говоря, что об отношениях между дядюшкой и британцами никогда ничего не знал. Допрос вел сам генеральный прокурор Руденко, который после немедленно представил протокол лично Хрущеву и Маленкову.
18 ноября Маленкову, а также Хрущеву и Молотову был представлен протокол допроса Берии, на котором недавно еще всесильного наркома обвинили в убийстве с использованием репрессивного аппарата НКВД, а также в изнасиловании с предварительным приведением жертвы в беспомощное состояние с помощью химических веществ. Жертвой убийства была названа Нина Орджоникидзе, жена родного брата Орджоникидзе-наркома, расстрелянная в 1938 году по решению «тройки». Ответ Берии гласил, что он не помнит, было ли тогда представлено ему это дело. По поводу жертвы своей необузданной страсти, актрисы Чижовой, Берия сообщил, что она была его любовницей, но по взаимному согласию.
21 ноября мать арестованного Берии из Тбилиси написала председателю Совмина СССР Г. М. Маленкову письмо. Она просила предоставить ей пригодное для проживания жилье, поскольку сразу после ареста сына ее выселили из квартиры в ведомственном доме МВД, где она прожила более тридцати лет. «Мне 86 лет, больная (слепая на 70 %) и нуждаюсь в присмотре. Со мною живут нетрудоспособная (глухонемая) дочь, 8-летняя внучка и зять…» — писала Марта Берия, жалуясь, что выселенной семье выделили одну комнату, категорически непригодную для жизни. Она особо указывала в письме, что после перевода сына в Москву виделась с ним всего три раза за прошедшие с того момента семнадцать лет и отвечать за его действия не должна.
26 ноября генеральный прокурор Руденко доложил Маленкову и Хрущеву, что Берия и другие обвиняемые ознакомились с материалами, по словам Руденко, полностью. «Обвиняемые опрошены по поводу того, чем они имеют дополнить следствие, — писал прокурор. — При этом Меркуловым, Гоглидзе, Мешиком и Влодзимирским были заявлены некоторые несущественные ходатайства…» В удовлетворении ходатайств о допросе свидетелей или переквалификации эпизодов дела им было отказано. Берия ни о чем не просил.
В итоговом документе значилось, что следствием установлены и доказаны факты «изменнической деятельности» Берии, Меркулова, Кобулова и других: обвиняемые намеревались захватить власть в стране, «действуя в интересах иностранного капитала», причем в дальнейшем Берия и остальные намеревались реставрировать капитализм. Берии вменялись в вину многочисленные факты сотрудничества с иностранными разведками. Кроме этого, в деле присутствовало и обвинение в организации массовых репрессий против честных партийцев и мирных советских граждан.
28 ноября Лаврентий Берия якобы написал из заключения свое последнее письмо. Адресатом его был Маленков, к которому бывший всесильный нарком уже неоднократно обращался с просьбами назначить сколь угодно тщательное расследование его деятельности, но «не губить». В последнем послании автор сменил тон, как если бы он и впрямь потерял надежду выйти на свободу или хотя бы остаться в живых. «Прошу товарищей Маленкова, Молотова, Ворошилова, Хрущева, Кагановича, Булганина, Микояна и других, пусть простят, если что и было за эти пятнадцать лет большой и напряженной совместной работы…» — писал он. Лично Маленкову («Георгий, прошу…») Берия адресовал просьбу позаботиться о его родных.