К этому времени управление Ордена имело следующую организацию: верховный владетель Ордена—Папа Римский, его отношение к Ордену заключалось только в получении дани. Следующим органом был Дейтчмейстер, управлявший землями Ордена в Германии, он один имел право собирать капитул Ордена, который мог судить Гохмейстера. Гохмей- стер, или Великий магистр, был председателем Капитула, состоявшего из пяти выборных рыцарей, исполнявших обязанности министров. Все земли Ордена делились на области, каждая область была вверена рыцарю–комтуру, который был одновременно комендантом укрепленного города или замка этой области. Остальные члены ордена состояли: из рыцарей, носивших белый плащ с черным крестом; милосердных братьев, ухаживавших за ранеными и больными, и священников. Были еще полубратья (Halbbruder), которые имели право драться под знаменами Ордена, но как не дворяне не имели права на добычу. Во время падения Ордена появились еще и орденские сестры. В захваченной и онемеченной стране Орден установил строгий порядок и построил целую сеть крепостей — рыцарских замков. Но одновременно с развитием Ордена росли и его враги. Еще в 1315 году был заключен против Ордена союз Владислава Локетка (Польша) с Гедимином (Литва). Война шла с переменным счастьем. Другим врагом Ордена было недовольство на бесправие горожан и духовенства Крупные торговые центры, как Кёнигсберг, Данциг и другие присоединились к Ганзейскому союзу и требовали себе прав внутреннего самоуправления, в чем Орден им отказывал. С объединением Польши и Литвы при Ягелло внешнее положение Ордена стало ухудшаться, и в 1410 году на полях Грюнвальда (Танненберг) рыцари Тевтонского ордена понесли тяжкое поражение от русских, поляков и литовцев, после чего Орден уже никогда более не смог оправиться.
Как известно, в минувшую войну неудачную операцию русской армии при Сольдау германский Генеральный штаб назвал боем при Танненберге, что ясно показывает нам духовную связь между так называемыми христианскими рыцарями Тевтонского ордена, прославившимися своими жестокостями, и нынешним поколением культурной Германии.
От окончательной гибели Орден был спасен энергичным шведским комтуром Генрихом Плауеном, прибывшим с меченосцами на помощь и заставившим Ягелло снять осаду с Мариенбурга. По Торнскому миру Орден был вынужден уступить Польше Жмудь и заплатить контрибуцию, а городам дать право посылать в Капитул своих представителей. В 1422 году после нового поражения Орден был вынужден уступить Польше значительные земли. В 1433 году по Брестскому миру были сделаны еще уступки. В 1462 году Орден тевтонских рыцарей признал свою ленную зависимость от Польши и допустил в свою среду поляков. Реформация окончательно подорвала силы Ордена, лишив его многих земель в Германии. В 1511 году Гохмейстером был избран Альбрехт Брандепский, который сначала попробовал бороться с Польшей, но, видя полный неуспех, решил принять реформацию и обратить земли Ордена в свои владения. Это ему удалось, и в 1525 году явилось новое герцогство Прусское, с ленной зависимостью от Польши. Часть рыцарей, оставшихся верными католицизму, уехала во Францию, где был избран новый Гохмейсгер фон–Кронберг. Был выработан и новый устав, но времена не соответствовали уже идее рыцарских орденов, и в начале XIX века Тевтонский орден был уничтожен декретом Наполеона I, императора Французов. В 1805 году император Австрийский принял титул Гохмейсгера Ордена Тевтонских рыцарей, и в виде благотворительного общества этот Орден просуществовал в Австрии до конца Европейской войны 1914—1918 годов.