В последние годы жизни Николая Ивановича организм его стал быстро разрушаться. Тогда-то Пирогов решил писать воспоминания и 5 ноября 1879 года завел дневник под таким названием: «Вопросы жизни, дневник старого врача, писанный исключительно для самого себя, но не без задней мысли, что может быть когда-нибудь прочтет и кто другой». В «Дневнике» — отрывочные воспоминания Николая Ивановича с детских лет до первой женитьбы и многочисленные, не приведенные в систему рассуждения на социальные и философские темы. Несколько цитат из рассуждений последнего рода приведено выше.
Доктор К. В. Волков, в своем «опыте перспективной оценки» гениального хирурга и анатома с марксистской точки зрения, отмечает, что во время дерптской профессуры Пирогов был «типичным механистическим материалистом». «Иным, конечно, в те годы он и быть не мог, — говорит автор, — для натуралиста и врача это был крайний и высший пункт философского развития». Это относится к тридцатым годам.
Но «озаренный во время ночных бессониц» 1842 года мыслью об «уповании в промысел», Николай Иванович, как показано в предшествующем изложении, увлекся мистическими беседами в гостиных петербургских, гернгутерских баронесс. Занявшись философствованиями о божественности откровения и т. п. вещах, он, от трактатов об евангельском назначении женщины-матери и жены, через педагогическую статью «Вопросы жизни» (1856 года), пришел к «Дневнику старого врача» с его теологическими рассуждениями о «беспредельном и вечном разуме, управляющем океаном жизни»;[7] заявлениями «о мистичности глаз всех домашних животных, плотоядных и травоядных»;[8] слезливыми покаяниями о тех вивисекциях и операциях, в которых он «по незнанию, неопытности, легкомыслию или бог знает почему заставлял животных мучиться понапрасну»;[9] с признанием гениальности Дарвина и его теории при заявлении, что не может «слышать без отвращения и перенести ни малейшего намека об отсутствии творческого плана и творческой целесообразности в мироздании».[10]
Этим путем гениальный анатом дошел до таких записей в «Дневнике» за январь 1881 года: «Я за предопределение. По-моему, все, что случается, должно было случиться и не быть не могло»;[11] «веру я считаю такою психическою способностью человека, которая более всех других отличает его от животных»;[12] «сомнение — вот начало знания; безусловное доверие к избранному идеалу — вот начало веры; нет нужды, если он будет абсурдом; истинно-верующему нет дела до результатов положительного знания».[13] Заявив далее, что «в самых тайниках человеческой души рано или поздно, но неминуемо должен был развиться и, наконец, притти осуществленный идеал богочеловека»,[14] Пирогов через утверждение, что «всеобъемлющая любовь и благодать святого духа — самые существенные элементы идеала веры христовой»,[15] подходит к подробному рассказу о своем детстве. Эти любопытные, очень ценные с фактической стороны, воспоминания Николая Ивановича прерываются известием об убийстве Александра II, так сильно «потрясшем» автора «Дневника»,[16] что он стал писать о «гнусной шайке злоумышленников, о крамольниках и пропагандистах»,[17] которым «не сорвать венка бессмертия с головы» царя, чьи «заслуги оценит беспристрастная история».[18] Такая философия примирила с Пироговым (после его смерти) не только реакционеров и монархистов, но и служителей церковного культа, с радостью ухватившихся за религиозно-патриотические откровения великого хирурга. Целый ряд статей, помещенных разными священниками в церковно-приходских журналах, засорил огромную литературу о научных заслугах Пирогова и многочисленные воспоминания об его общественно-медицинской и педагогической деятельности.
Но «Дневник старого врача», не был известен при жизни Пирогова, и его имя неизменно пользовалось огромной популярностью в конце семидесятых годов. Подорвать ее не могли и приведенные выше газетные толки о деревенской медицинской практике Николая Ивановича. Либеральное общественное мнение не считалось с ними, революционные круги были заняты совсем другими делами.
В 1880 году появилось в газетах известие о предстоящем пятидесятилетнем юбилее научной деятельности Пирогова, и в «Вишне» стали получаться телеграммы, адреса и приветствия. Друзья Николая Ивановича установили точную дату юбилея, который решено было отпраздновать 25 мая 1881 года, в 50-ю годовщину со дня получения Пироговым докторского диплома. Предполагалось устроить празднование в Петербурге. Но Пирогов заявил, что если уж нужно торжество, то оно должно быть устроено в Москве, на его родине, и проводиться в университете, месте его первоначального образования. «Хотя обстоятельства вынудили меня жить вне Москвы и сделали меня бездомным скитальцем, — говорил он устроителям, — но сердце мое всегда стремилось к ней».