Профессор Пирогов ошибался, когда в письме из Севастополя поручал жене уверить великую княгиню Елену Павловну, что он не «переродится». Ко времени Крымской войны либеральные и даже во многом радикальные взгляды Пирогова сильно изменились. В его мировоззрении почти ничего не осталось от той поры, когда при «неоспоримом факте: нет сознания и мысли без мозга» соответственные «умозаключения» казались ему неестественными и непреложными, не допускали и тени сомнения». Процесс его идеологического перерождения начался уже давно. Еще в 1842 году во время болезни он говорил уже об «озарившем его сознание» слове «упование», которое беспрестанно вертелось у него на языке. От «упования» он быстро дошел до мысли о том, что «мозговой ум наш есть не что иное, как проявление высшего мирового ума».
После смерти первой жены Пирогов, мало задумывавшийся в то время над политическими вопросами, стоявший в стороне от передовых кружков разночинной интеллигенции, которые с жадностью воспринимали проникавшие в Россию поверх николаевских барьеров западноевропейские, социалистические идеи, сблизился с представителями придворно-немецкой знати, принадлежавшей к секте гернгутеров. Основанная в средние века предшественниками социализма, секта гернгутеров выродилась в чисто религиозную сектантскую общину, отличавшуюся от остальных протестантских объединений словесной мишурой. Не отдавая себе ясного отчета в том, насколько несовместимы научные методы, которыми он руководился в своей работе, с религиозными бреднями гернгутеров, Пирогов стал частым посетителем гостиных генеральши Козен и адмиральши Глазенап и участником мистических собеседований их друзей. С особенной наглядностью противоречия, присущие Пирогову в эту эпоху, выявлены в его педагогических статьях «Вопросы жизни», возникших на основе ранее упомянутых трактатов «Идеалы женщины» и «Вопросы жизни» и получивших одинаково лестные отзывы как со стороны придворных кругов, так и от таких революционно настроенных писателей, как Чернышевский и Добролюбов.
«Вопросы жизни» были впервые опубликованы в 1856 г. в «Морском сборнике». Журнал этот был тогда наиболее свободным от воздействия цензуры, так как глава морского ведомства, великий князь Константин Николаевич, был противником феодального крепостничества и стоял за уничтожение физической зависимости крестьян от помещиков. Константин Николаевич принадлежал к кружку великой княгини Елены Павловны, которая была умнее и дальновиднее своего племянника — императора и лучше его понимала, как можно парализовать опасность, угрожающую династии.
Пирогов привлек к себе внимание Елены Павловны в конце 40-х годов. После своего столкновения с князем А. И. Чернышевым, по возвращении с Кавказа, Николай Иванович не только хотел уйти из Медико-хирургической академии, но подумывал даже об оставлении России. Участливое отношение Елены Павловны удержало его от всяких намерений такого рода. Женитьба Пирогова на баронессе А. А. Бистром и совместная работа с Еленой Павловной по созданию института сестер милосердия еще больше приблизила Николая Ивановича к либеральному придворному кружку. Приятельница гернгутерских генеральш, баронесса Раден, ознакомила Елену Павловну с размышлениями Пирогова над «вопросами жизни» и статья прославленного хирурга появилась в издании, которое после Крымской войны читалось не меньше, чем самый боевой журнал эпохи — «Современник».